1961-ben érettségizett, majd felvették az Eötvös Loránd Tudományegyetem Bölcsészettudományi Kar magyar–latin szakára (később 1963-ban felvette a finnugor szakot is), ahol 1966-ban szerzett tanári és finnugor szakos előadói diplomát. 1968-ban védte meg egyetemi doktori disszertációját. Egyetemi évei alatt az Eötvös Collegium tagja volt.
Diplomájának megszerzése után az egyetem magyar nyelvtörténet és nyelvjárástani tanszékének oktatója lett. 1969-ben kikerült Göttingenbe, ahol az ottani egyetem magyar lektora volt. 1975-ben tért haza. 1979-ben rövid ideig vendégtanár volt Berlinben. 1980-ban docensi, 1990-ben egyetemi tanári kinevezést kapott. Előtte 1984 és 1990 között a BTK oktatási dékánhelyettese volt. 1991-ben a magyar nyelvtörténeti és nyelvjárástani tanszék vezetője lett (ma: magyar nyelvtörténeti, szociolingvisztikai és dialektológiai tanszék). A tanszéket 2006-ig vezette. Ezzel párhuzamosan 1989-től 2008-ig a Magyar Nyelvtudományi Tanszékcsoport (2002 óta Magyar Nyelvtudományi és Finnugor Intézet) igazgatója volt. 2007-ben az MTA és az ELTE közös Geolingvisztikai Kutatócsoportjának vezetője lett. 1997 és 2000 között Széchenyi professzori ösztöndíjjal kutatott. 2013-ban emeritálták.
1977-ben védte meg a nyelvtudományok kandidátusi, 1989-ben akadémiai doktori értekezését. 1997-ben az MTA közgyűlési képviselőjévé választották (2000-ig volt képviselő), emellett 1998 és 2001 között az MTA Doktori Tanácsának nyelvésztagja volt. 2001-ben megválasztották a Magyar Tudományos Akadémia levelező, 2007-ben pedig rendes tagjává. Korábban a Nyelvtudományi Bizottság tagjaként is dolgozott, melynek 2002 és 2008 között elnöke volt. 2005-ben az Anyanyelvünk Európában Elnöki Bizottság elnökévé nevezték ki. 1974-ben a Magyar Nyelvtudományi Társaság titkárává választották, ezt a tisztségét 1990-ig viselte, amikor a társaság főtitkára lett. 2005-ben a tudományos társaság elnökévé választották. Ezen kívül 2000-ben a Nemzetközi Dialektológiai és Geolingvisztikai Társaság vezetőségi tagja, ill. 2003-ban a Magyar Néprajzi Társaság tiszteletbeli tagja lett. 1991-től volt az Atlas Linguarum Europae magyar nemzeti bizottságának elnöke. Ezen kívül a Magyar Nyelv, a Dialectologia et Geolinguistica szerkesztőbizottságába is bekerült.
Munkássága
Kutatási területei a dialektológia, a szociolingvisztika, a nyelvtörténet és a nyelvtudomány-történet. Jelentős szerepe volt a magyar nyelvjáráskutatás módszertanának megújításában, valamint a szociolingvisztikai (társadalomnyelvészeti) és a strukturális szempontok nyelvjárástani alkalmazása terén.
A nyelvi tudat és attitűdök, felfogások regionális-területi környezetben történő vizsgálat kutatásának megújítását irányozta elő, illetve korszerűsítette. Az Eötvös Loránd Tudományegyetem számítógépes dialektológiai központjának egyik kezdeményezője és alapítója volt.
Családja
Nős, házasságából két leány- és egy fiúgyermeke született.
Magyar dialektológia; szerk. Kiss Jenő; Osiris, Budapest, 2001 (Osiris tankönyvek)
Magyar nyelvtörténet; szerk. Kiss Jenő, Pusztai Ferenc; Osiris, Budapest, 2003 (Osiris tankönyvek)
Nyelv és nyelvhasználat a moldvai csángók körében; szerk. Kiss Jenő; Magyar Nyelvtudományi Társaság, Budapest, 2004 (A Magyar Nyelvtudományi Társaság kiadványai)
Dialektológia és nyelvtudomány: hagyomány és korszerűség; MTA, Budapest, 2005 (Székfoglalók a Magyar Tudományos Akadémián)
Zsirai Miklós, 1892–1955. Elhangzott: 2005. április 18.; MTA, Budapest, 2006 (Emlékbeszédek az MTA elhunyt tagjai felett)
Benkő Loránd emlékezete; szerk. Juhász Dezső, Kiss Jenő; MNYT, Budapest, 2012 (A Magyar Nyelvtudományi Társaság kiadványai)
A magyar nyelv és nyelvközösség; Balaton Akadémia, Keszthely, 2012 (Szent György könyvek)
Köszöntő könyv Kiss Jenő 60. születésnapjára; szerk. Hajdú Mihály, Keszler Borbála; ELTE Magyar Nyelvtudományi és Finnugor Intézete–Magyar Nyelvtudományi Társaság, Budapest, 2003
