Aiken mérnöki munkát végzett, miközben a Wisconsin–Madison Egyetem hallgatója volt. A Harvard Egyetemen1939-ben doktorált, majd rövid ideig ott maradt oktatni, mielőtt hadmérnöki munkát vállalt volna az USA Haditengerészeti Ellátó Hivatalnál.
Három másik mérnökkel – Clair D. Lake (1888–1958), B. M. Durfee, F. E. Hamilton – együtt 1939-ben kezdett dolgozni egy olyan automatikus számológép kifejlesztésén, amely 5 számtani műveletet (összeadás, kivonás, szorzás, osztás, és az előző eredményekre vonatkoztatás) tudott végezni tetszés szerinti sorrendben, emberi beavatkozás nélkül. Az első ilyen gépet, a Harvard Mark I-et Aiken és munkatársai 1944 februárjában fejezték be. Jellemzői:
15,3 m hosszú,
2,4 m magas,
31 500 kg,
800 km huzalból állt,
3 millió kapcsolást tartalmazott,
lyukszalagra kódolt utasítások segítségével dolgozott
Aiken folytatta munkáját, s 1947-ben befejezte a továbbfejlesztett, teljesen elektronikus Mark II.-t. Jellemzői:
