Heller Vilmos szállodatulajdonos és Leimdörfer Katalin fiaként született. A gimnázium felső tanfolyamát a Rabbiképző-intézetben végezte. 1894-ben avatták doktorrá, 1896-ban rabbivá. Ugyanezen évben tanári oklevelet szerzett a német–francia szakból. 1901. július 2-án Budapesten, a Erzsébetvárosban feleségül vette a nála 9 évvel fiatalabb Halász Etelkát, Halász Nátán és Seligmann Rebeka leányát.[5] 1896-tól állami középiskolai tanár, 1919-ben a Pesti Izraelita Hitközség fiú- és leánygimnáziumának igazgatója lett. 1920-tól a főgimnázium igazgatója és a leánygimnázium kurátora volt. 1922-ben Bacher Vilmos tanszékére az Országos Rabbiképző Intézet tanárává nevezték ki. 1931-es nyugdíjazása után egy I. kerületi kereskedelmi iskola izraelita hitoktatója, majd 1933 és 1935 között az Országos Rabbiképző Intézet alsó tagozatának óraadó tanára volt. Az 1935–36-os tanévben a Budai Izraelita Hitközség tanulmányi felügyelőjeként működött. Az Izraelita Magyar Irodalmi Társulat választmányának, a Magyar Néprajzi Társaság választmányának és Folklóre bizottságainak, a Pro Palesztina Szövetség elnöki tanácsának tagja.
Irodalmi munkásságának főterületei: összehasonlító irodalomtörténet, folklór, mesekutatás. Héber szövegtanulmányai, a talmudi és midrási mesék irodalmi vonatkozásaival foglalkozó tanulmányai irodalomtörténeti értekezései, pedagógiai cikkei stb. a legelőkelőbb hazai és külföldi folyóiratokban jelentek meg. Fontos tárgytörténeti adatokat szolgáltatott a magyar mondákhoz és klasszikusok magyarázatához.
Főbb művei
Az evangéliumi parabola viszonya az Aggádához (Budapest, 1894)
Mely főszempontokból alakította át Goethe az Iphigeniáját? (Budapest, 1899)
Éléments, Paralléles et Origines de la Légende des Sept Dormants (Paris, 1904)
Le Légende judeo christienne du Compagnon au Paradis (Paris, 1908)
Scheiber Sándor (1943). „Dr. Heller Bernát élete és tudományos munkássága”. Az Izraelita Magyar Irodalmi Társulat Évkönyve. (Hozzáférés: 2021. június 26.)
Emlékkönyv a Ferenc József Országos Rabbiképző Intézet ötvenéves jubileumára 1877–1927. 1–2. köt. [2. köt.] Kiadják Blau Lajos, Hevesi Simon, Friedman Dénes. Budapest, 1927.
