Sámsonházán (Nógrád vármegye) született, ahol atyja, Haan János evangélikus lelkész volt. Egy hónapos korában, 1818. szeptember 12-én a család Békéscsabára költözött, mert apja itt kapott lelkészi állást. Közép- és felső iskoláit Mezőberényben és Eperjesen végezte, 1841-1842-ben külföldi egyetemeken (Jenában, Gothában, Berlinben) tanult teológiát. 1842 őszén Selmecbányára hívták lelkésznek és tanárnak. 1848-ban Nagylakon lett lelkész. Mint nemzetőr vett részt a szabadságharcban. 1855-ben Békéscsabán lett lelkész. Később megválasztották Haan Lajost a bányai evangélikus egyházkerület főjegyzőjének. Jelentős egyháztörténeti műveket írt. 1877-ben a Magyar Tudományos Akadémia levelező tagjává választották.
Békéscsabán halt meg, sírja a Kastélyi evangélikus temetőben található. Vele közös sírban nyugszik második felesége is. Sírjának közelében van a Haan család néhány további tagjának, köztük apjának, illetve első feleségének a nyughelye is.
Jena hungarica, sive memoria hungarorum a tribus proximis saeculis acad. jenensi ad scriptorum, Gyula, 1858
Dürer Albert családi nevéről, 1878
Énekes könyv ágostai hitvallású hivek számára, Pest 1870
Énekes könyv a békés-csabai evangélikus egyház használatára, Arad 1860
A keresztény egyház történetei, Pest, 1866
Békés-csaba. A város története a kezdetektől a XIX. század harmadik harmadáig, Békéscsaba, Békés Megyei Közgyűlés Önkormányzati Hivatala, 1991. ISBN 963-04-1255-1
Hazai evangélikus papokról, tanárokról, tanítókról szóló anekdoták; összeáll., szerk. Bakay Péter; Békéscsabai Evangélikus Egyházközség, Békéscsaba, 2015 (Evangélikus kéziratok)
"aki tót pap létére is magyar író". Haan Lajos levelei és visszaemlékezései; szerk. Demmel József, Katona Csaba; Výskumný ústav Slovákov v Maďarsku–MTA BTK TTI, Békéscsaba–Budapest, 2017 (Kor/ridor könyvek)
szerkesztette a magyarországi evangélikus egyház egyetemes névtárát
Emlékezete
A békéscsabai szoborsétányon 1970-ben avatták fel mellszobrát (Kiss Kovács Gyula alkotása).
"aki tót pap létére is magyar író". Haan Lajos levelei és visszaemlékezései. Szerk. Demmel József és Katona Csaba. 2017. Békéscsaba – Budapest. [Kor/ridor Könyvek, 10.]