A férfi maratonfutás egy speciális verseny bemutatkozása volt ezen az olimpián. Az alapötlet Michel Bréal fejében született meg, Pheidippidész legendája alapján, aki először futotta le a Marathón–Athén távot. Az első maratonfutó versenyt Görögországban tartották, ami kvalifikációs versenyként szolgált az olimpiára, és Harílaosz Vaszilákosz nyerte. A maratoni verseny távja 1896-ban 40 kilométer volt.
Rekordok
A Nemzetközi Atlétikai Szövetség1908 óta tartja nyilván a hivatalos világrekordot, és mivel ez volt az első olimpia, ezért olimpiai rekord sem létezett ez előtt. Ezáltal az ezen a versenyen győztes versenyző eredménye számít ebben a versenyszámban az első hivatalos olimpiai rekordnak.
25 versenyző utazott el Marathónba, azonban csak 17-en startoltak el. Csakúgy, mint az 1500 m síkfutás versenyén, a franciaAlbin Lermusiaux ragadta magához az első helyet már a legelején. A második és harmadik helyen az ausztrálEdwin Flack illetve az egyesült államokbeliArthur Blake futott, mindaddig míg 23 km-nél Blake megállt. 32 km-nél Lermusiaux szintúgy abbahagyta a versenyt, Flacket egyedül hagyva az élen. Ez a pozíció nem volt biztonságos, mivel a görögSzpirídon Lúisz, felhasználva teljes állóképességét, lassan-lassan faragott a hátrányából. Kifulladva az első hely megtartása miatti versenyben, Flack nem bírta tovább, és 4 km-rel a vége előtt kénytelen volt feladni a versenyt. Ezzel Lúisz teljesen egyedül maradt az élen, és épphogy kevesebb mint 3 óra alatt sikerült teljesítenie a távot. Vaszilákosz lett az ezüstérmes. Őt nem sokkal követte a szintén görög Szpirídon Belókasz és a magyarKellner Gyula. Belókasz harmadik helyét törölték, mivel kiderült, hogy a táv egy részét nem futva, hanem kocsival tette meg.
