Nagyapja Anton Franz Gayer, prágai gyógyszerész, 1764. augusztus 14-én nemesi címet és a von Ehrenberg utónevet kapta Mária Terézia császárnőtől a hétéves háborúban játszott szerepéért. Édesapja, Johann Aloys Gayer von Ehrenberg, a cseh Legfelősbb Bíróság tanácsnoka, bárói címet kapott. Eleonora 1832-ben született a Týn nad Vltavou közelében fekvő Modrá Hůrkában. 1842-1847 között a prágai Voršilek kolostorban élt, ahol a zenei oktatás alapjait is megkapta. 1852-ig Bécsben élt nagynénjével, Hrzánová grófnéval. 1852 és 1854 között a prágai konzervatórium növendéke volt, ahol Giovanni Battista Gordigianitól (1795–1871) tanult énekelni.