Az ötvenes évektől a csehszlovák titkosszolgálat (StB) ügynöke lett, rendszeresen jelentett társairól. Ezt az egészet intellektuális játéknak tekintette. „Érdekes diskurzusokat folytattunk, és idôvel meggyôzôdéses maoistákat sikerült faragnom belôlük.”
Műveinek skálája rendkívül széles: Közel 30 verseskötete jelent meg, a korai 1950-es évekepikus verseitől az 1980-as évek meditatív filozofikus műveiig. Írt továbbá közel 20 novellát, a legtöbb társadalmi és egyéni krízisekkel vagy az egyén és a közösség közötti kapcsolat problémáival foglalkozik. A művek mély, egzisztenciális háttere ellenére friss, élvezetes szövegekről van szó. Ő maga leginkább a filozófiai munkáit tartja fontosnak. Írt egy többszintű filozófiatörténetet is – ezt az alkotását azonban más tekintélyek azzal a kritikával illették, hogy Bondy extrém marxista orientációja által torzítva mutatja be a témát.
