Pérez hároméves korában kezdett zongorázni, tízéves korától pedig klasszikus zongorát tanult a Panamai Nemzeti Konzervatóriumban. Apja salsazenekarában dobolt és szintetizátoron is játszott. Az Amerikai Egyesült Államokban, az Indiana University-n elektrónikát tanult, majd 1985-től a Berklee College of Musicon zenei tanulmányokat folytatott.
Első saját albuma a Danilo Pérez és The Journey volt.
1994-ben készült a Grammy-díjas lemeze Arturo Sandoval tombítással („Danzón”). 1995 óta tagja volt Wynton Marsalis együttesének is. Ugyanebben az évben felvette a The Journey zenekari változatát a Panamai Szimfonikus Zenekarral.
1996-ban Thelonious Monk zenéjével megjelent a Panamonk című album, amelyet 1998-ban a Grammy-díjra jelölt Central Avenue album követett.
1997-ben a bolognaiConcorso Internazionale di Composizione számára komponálálta a Blues For The Saints című művét Gary Burton vibrafos közreműködésével, és az Orchestra Sinfonica dell'Emilia-Romagna adta elő.
2000-ben Pérezt meghívták a washingtoni Kennedy Centerbe egy szólókoncertre. Ugyanebben az évben Panama kulturális nagykövete lett, továbbá Panama Jazz Fesztivál alapítója és igazgatója, amellett pedig az UNICEF jószolgálati nagykövete, és a Berklee Global Jazz igazgatója is.
Albumok
1993: Danilo Pérez
1994: The Journey
1996: PanaMonk
1998: Central Avenue
2000: Motherland
2003: ...Till Then
2005: Live at the Jazz Showcase
2006: Panama Suite
2008: Across the Crystal Sea
2010: Providencia
2014: Panama 500
2015: Children of the Light