Szónoklataival csakhamar magára vonta a közfigyelmet. 1648-ban a tállyai református gyülekezet hívta meg lelkipásztorául. Innen 1651 végén Lorántffy Zsuzsanna fejedelemasszony ajánlatára a beregszászi egyházba vitték, majd 1653 elején a kassai egyház nyerte meg lelkipásztorául. Itt a háborús idők miatt igen sok baja, kellemetlensége volt. Különösen a zsebesi prédikátor által 1670-ben Kassán elkövetett kihágásokért Csáki Ferenc generális őt vonta kérdőre; mivel a tettes nem került elő, Czeglédit 200 aranyforint bírsággal büntette. Bár ezt kifizette, csak rövid ideig tartó nyugalmat nyerhetett: még azon év szeptember 18-án egy német tiszt katonáival lakására rontott és foglyul ejtette, majd a foglyok előtt néhány napig tartott prédikálása után, szeptember 28-án rátörtek, megverték, azután egy magánháznál gabonacsűrbe zárták, ahol 14 napig tartották fogva. Fogságából 10 000 arany lefizetése mellett kiszabadult és 1671 elején májusig szabadon élt saját lakásán, de május 27-én mint a Zrinyi-Nádasdy-féle összeesküvés részesét, megidézték Pozsonyba. Bár súlyos beteg volt, nejével elindult, de a nagyszombati határban június 5-én meghalt.
Eltemettetésére nem adtak engedélyt, ezért bármilyen halotti szertartás nélkül június 7-én, a Pozsonyba megidézett protestáns főrendek gyászkísérete mellett, az április 30-án lefejezett Bónis Ferenc mellé temették.
Az ellene emelt vádat az 1674. március 5-én összeült rendkívüli törvényszék felújította. A vád szerint a prédikátorok állítólag elhatározták, hogy a magyarországi lázongókhoz és az erdélyi fejedelemhez követeket küldjenek, és a titkos követségi megbízást Czeglédi teljesítette volna Medgyesi Pállal együtt, holott az egyháznak és iskolának kegyes patrónus szerzése és Gorup Ferencgyőrinagypréposttal polemizáló művének („Dágon ledőlése") kinyomatásáért járt Kolozsvárt.
A jó emlékezetű; igyenes lelki-isméretü: Néhai Nemzetes Vdvarhelyi György Vramnak;… özvegygyé maradot Szerelmes Házas Társának… Kvn Maria Aszonyomnak… a nagy Vr akarattya szerént való életet… kér C. I. Uo. 1662
Baratsaghi Dorgalas. Az az: Az igaz Calvinista (mert igy neveztetik ma) vallásbul kicsapont, s hogy már a Sz. Péter Hajójában mezitelen bé-ugrot, egy Pápistává lött Embernek meg-szollitása. Uo. 1663 (Inti a reformátusokat, hogy vallásukat semmi kincsért ne tagadják meg. Az igaz vallás a kálvinistáké. Az 1. 2. és 7. sz. munka A. C. H. K. G. L. T. C. I. betűk alatt jelent meg, az az A Cassai Helvetica Keresztyén Gyülekezet Lelki Tanítója Czeglédi István.)
A szó, Jakob szava, de a kezek Esav-e… (Kassa, XVII. század. Irva van az Egy vén bial orrára való karika cz. Cz. ellen intézett és h. n. 1664-ben nyomtatott gunyirat szerzője Sámbár Mátyás jésuita ellen. Nagyon valószínű, hogy ezen czáfolat is akkor látott napvilágot.)
Apafi Mihály erdélyi fejedelem Érsekujvár alá menetele 1663-ban Czeglédi Istvántól. Bevezetéssel s jegyzetekkel ellátva közli Szilágyi Sándor (Uj M. Muzeum 1859. I. 49.) és Szilágyi István (Uo. 1860. I. 89.)
Kiadatlan leveleit a gr. Teleki nemzetség maros-vásárhelyi levéltárából közli Koncz József (Prot. Egyh. és Isk. Lap 1888. 26. és köv. sz.)
Jankovich Miklós még két munkáját említi: Bőr Katalin felett tartott halotti oratio. Kassa, 1661. 4-r. és Szabó Dorka Kátai Ferencz hitvese felett halotti beszéd. Uo. 1666., melyeknek címe hiányos, és a munkák sem ismeretesek irodalmunkban.
Pintér JenőA magyar irodalom története: tudományos rendszerezés Budapest, 1930–1941; 3. kötet. A XVII. közérdekű irodalma / A protestáns vallási irodalom és egyházi szónoklat című alfejezet. (CD-ROM: Arcanum Kiadó)
P. Tóth János: Vásárhelyi Matkó István hitvitája Sámbár Mátyás jezsuitával; Hornyánszky Ny., Budapest, 1909 (Koszorú. A Magyar Prot. Irodalmi Társaság népies kiadványai)
Garadnai Erika Csilla: A felső-magyarországi hitvita, 1663–1672. Sámbár Mátyás, Pósaházi János, Matkó István és Czeglédi István polémiája; OSZK–Universitas, Budapest, 2018