Megírta Erdély 1525–1609 közötti történetét Historia de rebus Transylvanicis címen, tizenhat könyvben. Ebben Szamosközy István azóta elveszett kéziratos munkáját is felhasználta. A hátrahagyott, nagy értékű történelmi munka kinyomatására testvére, Elek, Keresden nyomdát állíttatott.
A Keresden 1684-ben elkezdett, a váradi nyomda betűivel nyomtatott első kiadása csak részben készült el, és a félig elkészült példányok idővel tönkrementek vagy Thököly Imre1690. évi betörésekor megsemmisültek. Maga az eredeti kézirat is elveszett. A hiányzó részeket Benkő József a másolatokból pótolta és kiadta 1782 és 1793 között Nagyszebenben hat kötetben Historiarum Pannonico Dacicarum libri X. a clada Mohacsensi 1526 usque ad finem seculi címen. Magyarul Bodor András fordításában indult meg kiadása 2000-ben.
Modernkori magyar fordítása
Erdély története; jegyz. Pálffy Géza; Enciklopédia–Erdélyi Múzeum-Egyesület, Bp.–Kolozsvár, 2000–2010
1. A mohácsi csatától a váradi békekötésig, 1526–1538; szerk., utószó Jankovics József, ford. Bodor András; 2000
2. A váradi békekötéstől János Zsigmond haláláig, 1538–1571. II-V. könyv; jegyz. Kruppa Tamás, ford. Bodor András; 2002
3. Báthory István trónra lépésétől Báthory Zsigmond uralkodásáig, 1571–1594. VI-VII. könyv; ford. Bodor András, jegyz. Kruppa Tamás; 2004
4. Báthory Zsigmond uralkodása, 1594–1597. VIII-IX. könyv; VIII. könyv ford. Kasza Péter, IX. könyv ford. S. Varga Katalin, jegyz. Kruppa Tamás, szerk. Jankovics József; 2006
5. Báthory Zsigmond lemondásától Mihály vajda hatalomra kerüléséig, 1598–1600. IX-X. könyv; ford. Kasza Péter, jegyz. Kruppa Tamás, szerk. Jankovics József; 2010
Jegyzetek
↑1679–1690 között a kancellár feladatköre több személy között oszlott meg.
Deák Farkas: Gróf Bethlen Miklós életrajza; Stampfel, Pozsony–Bp., 1885 (Magyar Helikon)
Svéda Pál: Bethlen Farkas históriája (1526–1571); Kultúra Ny., Pécs, 1938 (Specimina dissertationum Facultatis Philosophicae Regiae Hungaricae Universitatis Elisabethinae Quinqueecclesiensis)