Öt évvel az eredeti sorozat után a 15 éves Ben Tennyson visszatért a mindennapi életbe. A kalandjai véget értek, az Omnitrixt levette és Ben egy fiatal fiúból egy magabiztos tinédzserré nőtte ki magát. Azonban Max nagyapa rejtélyes eltűnése miatt kénytelen volt újra használatba venni az Omnitrixt, valamint Gwen és Kevin Levin arra kérték, hogy keresse meg nagyapát. Eközben pedig segítenie kellett a Szerelőknek Csúcsvér visszaverésében is.
Miután legyőzik Csúcsvért, Ben, Gwen és Kevin folytatja a kalandozásait és különböző idegen fenyegetésekkel száll szembe. Ezek közé tartozik Ben néhány korábbi ellensége is, köztük Vilgax, Dr. Animo, Szellem, Vulkanus, Charmcaster és Hex.
Az eredeti sorozat és a Ben 10 és az idegen erők eseményei között Bennek sikerült levennie az Omnitrixt. Amikor Ben újra felveszi, az Omnitrix átkonfigurálja magát, ezzel Ben új idegenekhez jut hozzá és már az idegenek holografikus képét jeleníti meg. Azonban Ben elvesztette a korábbi idegenjeit.[2]
Ben maga is megőrizte minden sérülését, amit valamely idegen formájában szenvedett. Az Omnitrixt jóval stabilabban irányíthatta Ben, azonban egy idő után újra meghibásodik hasonlóan a korábbi sorozathoz.[3] Ben most már a bármikor válthat az idegen formák között és bármikor visszatérhet emberi alakjába, azonban lemerülhet az Omnitrix energiája és amíg ez teljesen fel nem töltődött, Ben nem tud átváltozni. Az új Omnitrix a genetikai sérüléseket is helyre tudja állítani. Erről Bent a korábban nem hallható Omnitrix hangja értesíti. Egy fordítóprogrammal is fel van szerelve, amivel Ben beszélgethet a különböző idegenekkel.
Azmuth elárulja, hogy az Omnitrix a galaxisban található összes faj DNS-ét tartalmazza, ami azt jelenti, hogy Ben 1 000 903 faj alakját veheti fel.[4] Ha létrehoznak egy másik Omnitrixt, és ez közel kerül az elsőhöz, akkor felrobbannak és ez az egész univerzum pusztulását jelentené.[5]
A Monkey Bar Games és a D3 Publisher készítette el a sorozat videójátékát. Ezt PlayStation 2-re, Nintendo DS-re, Wii-re és PSP-re adták ki. A játékban Ben, Gwen és Kevin irányítható. A játék összes változatában Ben átalakulhat Láplövővé(Swampfire) és Óriásszaurusszá(Humongousaur), a DS verzióban Kromakővé(Chromastone), Visszhangá(Echo Echo) és Hólyaggá(Goop), míg az asztali konzolos verziókban Nagyfaggá(Big Chill), Pókmajommá(Spidermonkey) és and Sugárrájává(Jetray).
