Beilngries nevét 1007-ben említették először az oklevelek "Bilingriez" néven. Az Eichstatti Egyházmegyéhez tartozó hely volt, előbb a püspök, később 1053-ban II. Viktor pápa piac- és vámjogot adományozott a településnek. 1300 körül a várost árokkal és fallal vették körül, amely megakadályozta a város pusztulását a késő középkorban a parasztháború alatt.
Az Eichstätti püspökség a boszorkányüldözés idején legalább két nőt vádolt meg az állítólagos boszorkánysággal, kiket 1623-ban vagy 1625-ben halálra is ítéltek.
1633-ban a város harc nélkül megadta magát weimari Bernhard csapatainak. 1802-ben a bajor csapatok foglalták el. 1846-ban a Ludwig-csatorna megnyitása nyomán Beilngriesben fellendült a fa és marhakereskedelem.