Balogh Elek orvos és Kenyeres Ilona fia. Egyetemi tanulmányait a Budapesti Tudományegyetemen végezte 1907–1913 között, 1913-ban már orvosdoktor. Budapesten az anatómiai intézetben dolgozott, 1923-ban a Pázmány Péter TudományegyetemenA fertőző betegségek tárgykörből magántanárrá habilitálták. Nyilvános rendkívüli tanári kinevezést kapott 1925. augusztus 19-én, amikor a szegedi Kórbonctani és Szövettani Intézetbe került tanszékvezetőnek. Nyilvános rendes tanárrá nevezték ki 1926. október 11-én. 1927-ig vezette a szegedi intézetet, majd a budapesti Kórbonctani Intézetbe ment dolgozni 1927–1934 között, itt vizsgáztatta és vette maga mellé dolgozni Romhányi Györgyöt, akiből híres patológus lett. A Kórbonctani Intézetből az I. sz. Kórbonctani és Kísérleti Rákkutató Intézet nyilvános rendes tanára, dékánja, majd rektora lett (1934–1945). 1945–1950 között a budapesti Onkológiai Intézet beosztott orvosa volt. Életének utolsó másfél évtizedét (1950–1964) a fővárosi Heim Pál Gyermekkórházban töltötte főorvosi beosztásban.
Kutatási területe
Kutatási területe kiterjedt a fertőző betegségek kórbonctanára, a nomára, az oxigénhiány okozta szöveti elváltozásokra, a magassági kollapszusra, a tüdőartériák záróberendezéseire és más kórbonctani problémákra vonatkozó vizsgálatokra, valamint a daganatkutatásokra. Nemzetközileg is elismert rákkutató volt. Közel 200 tudományos közleménye jelent meg hazai és külföldi szaklapokban.
Tanulmányaiból
Szöveti elváltozások biológiai felértékelése fertőző betegségekben. Ld. Rigler emlékkönyv. Szeged, 1926. 600–609. p.
A H-ion concentratio jelentősége a szervek színének a halál utáni megőrzésében. Ld. Orvosképzés, 1927.
Szegedi egyetemi almanach: 1921-1970. Szeged, Márta Ferenc – Tóth Károly, 1971. Balogh Ernő ld. 292-293. p.
Szegedi egyetemi almanach: 1921-1996. II. köt. Szerk. Mikó Tivadar, Marton János, Farkas Gyula. Szeged: Szent-Györgyi Albert Orvostudományi Egyetem, 1997. Balogh Ernő ld. 39. p.
.svg){kind=small}