Középiskolai tanulmányait Rozsnyón, Miskolcon és Lőcsén, a bölcseleti és jogi tanfolyamot a pesti egyetemen végezte 1835-ben. Ezután joggyakorlatra lépett, és 1836-tól 1838-ig mint királyi táblai hites jegyző működött. 1838-ban ügyvéd, egy évvel később jogtudor lett. Miután több előkelő családnál jogtanító volt, 1841. április 10-én Kismartonban, Esterházy herceg uradalmi igazgatóságánál mint jogügyi előadó és titkár nyert alkalmazást; ez állásában maradt 1848-ig, amikor a Pozsonyi Jogakadémiához tanárrá, majd 1850. május 20-án pedig igazgatóvá neveztették ki. Itt eleinte államismeretet és bányajogot, 1850–1853-ban váltó- és kereskedelmi jogot, 1854. szeptember 27-igmagyar magánjogot tanított. Ezt követően a pozsonyi országos főtörvényszék tanácsosává nevezték ki, megtartva emellett 1861-ig igazgatói állását is. 1855. december 15-én az úrbéri törvényszék ülnökévé és előadójává, 1856. november 24-én pedig a pozsonyi földtehermentesítési bizottság tagjává lett. 1861. január 22-én magyar királyi helytartósági tanácsossá, a következő évben, május 25-én a pesti egyetemen az osztrák–magánjog (österreichisches Privatrecht) és polgári törvénykezés tanárává és királyi tanácsossá nevezték ki. Az 1870/1871. évi tanévben a Jog- és Államtudományi Kar dékánja lett. 1863. június 29-én a hét személyes táblához szavazó bírónak hívták meg, itt egészen 1869. május 31-ig (a hétszemélyes tábla feloszlásáig) működött ebben a pozícióban. Az 1879–1880. tanév végeztével nyugalomba vonult, és Nógrád vármegyei pusztaberki birtokára vonult vissza, ahol egy év múlva, 1881 augusztus 14-én elhunyt.
Szülei Baintner János és Hirsch Barbara. Testvérei: Baintner Károly (1803–) orvos, Baintner Ferenc (1805–1883) orvos, Baintner Vilmos (1809–), Baintner Vilma (1809–) és Baintner Karolina (1802-). Felesége Permayer (Permajer) Karolina (1828–1905). Fiai Baintner Hugó (Pozsony, 1851-1925) jogász, a kassai jogakadémia rendes tanára, Az avatkozás, Tanulmány a Polgári Perjog köréből című 1896-ban megjelent mű szerzője, illetve a kassai jogakadémia utolsó dékánja és Baintner Arnold (Pozsony, 1853) főszolgabíró, majd magyar királyi pénzügyi titkár. Unokája Baintner Géza (1892–1980) fizikus, egyetemi docens.
Művei
Magyar régi és új törvényszéki rendelet és törvénykezési eljárás. Bevezetéssel. Pozsony. 1851
Biografický Lexikón Slovenska. Red. Pavol Parenička. Martin, Slovenská Národná Knižnica Národný Biografický Ústav, 2002-
Gutenberg nagy lexikon. Minden ismeretek tára. Budapest, Nagy Lexikon Kiadóhivatal, 1931-1932
Das geistige Ungarn. Biographisches Lexikon. Hrsg. Oscar von Krücken, Imre Parlagi. Wien-Leipzig, W. Braumüller, 1918
Magyar életrajzi lexikon I-II. Főszerk. Kenyeres Ágnes. Budapest, Akadémiai Kiadó, 1967-1969
Magyar Nagylexikon. Főszerk. Élesztős László (1-5. k.), Berényi Gábor (6. k.), Bárány Lászlóné (8-). Budapest, Akadémiai Kiadó, 1993-
Malý Slovenský Biografický Slovník. Hlavný redaktor Vladimír Mináč. Martin, Matica slovenská, 1982
A Magyar Tudományos Akadémia tagjai 1825-1973. Összeáll. Fekete Gézáné. Budapest, Magyar Tudományos Akadémia Könyvtára, 1975
A Magyar Tudományos Akadémia tagjai 1825-2002. Szerzők: Markó László, Burucs Kornélia, Balogh Margit, Hay Diana. Budapest, MTA Társadalomkutató Központ, 2003
A Pallas nagy lexikona, az összes ismeretek enciklopédiája. 1-16 k. (17-18. pótk. Szerk. Bokor József). Budapest, Pallas-Révai, 1893-1904
Révai nagy lexikona. Budapest, Révai, 1911-
Tolnai világlexikona. Budapest, Magyar Kereskedelmi Közlöny, 1912-1919
Új Idők lexikona. Budapest, Singer és Wolfner, 1936-1942
Új magyar életrajzi lexikon. Főszerk. Markó László. Budapest, Magyar Könyvklub