Idősebb Bókai János (1822–1884) és szántói Szabó Judit (1831–1916) fia. Orvosi diplomáját 1879-ben kapta meg. Pályáját egyetemi tanársegédként kezdte az egyetem gyógyszertani intézetében. Belgyógyász és farmakológus, a belgyógyászati vizsgálati módszerek magántanára (1881–83), a kolozsvári egyetemen az általános kór-, gyógytan és gyógyszertan professzora (1883–1890), 1890-től a budapesti egyetemen a gyógyszertan tanára, 1900-1902 között a kar dékánja.
Szerkesztője és alapítója a Magyar Orvosi Archívumnak, alapmunkák szerzője: vénygyűjteménye tizenkét kiadást ért meg 1888 és 1915 között. Korányi Frigyessel és Kétly Károllyal együtt adta ki a Belgyógyászat kézikönyve sorozatot. A belgyógyászat kézikönyve című hatkötetes munkája sokáig volt a képzés és a praxis bibliája.
Sokáig volt az Országos Balneológia Egyesület elnöke, irányításával alapozta meg Budapest a maga modernkori fürdőkultúráját s intézményrendszerét.
1902-ben lépett be a Pátria szabadkőműves páholyba, 1915-től haláláig a Magyarországi Symbolikus Nagypáholy választott vezetője, nagymestere.
Mellszobra a bókaytelepi Bókay-kertben
Házassága és gyermekei
Feleségül vette az előkelő polgári származású Herrich Szidónia (1863–1946) kisasszonyt, Herrich Károly (1818–1888),[4] vízépítő mérnök, miniszteri tanácsos, és Deák Szidónia (1843–1880)[5] lányát.[6] Házasságukból született:
bókai dr. Bókay Zoltán (1885–1955), gyermekorvos, Debreceni Egyetem gyermek-klinikájának a volt igazgatója.[7]
A köpetek kórjelzéstani szempontból; Khór-Wein Ny., Bp., 1880
Vénygyűjtemény (I-IV., Bp., 1889)
Újabb gyógyszerek. Gyakorló orvosok és gyógyszerészek igényeire tekintettel; Grill, Bp., 1891
Hazai és külföldi ásványvizek és fürdők összehasonlítása; Eggenberger, Bp., 1895 (Fürdőirodalmi könyvtár)
Újabb gyógyszerek és gyógymódok (Orvosi Hetilap melléklete 1894)
Gyakorlatilag fontosabb mérgezések (Belgyógyászati Kézikönyv, I-II, Bp., 1896)
A franczia szabadkőművességről; Uránia Ny., Bp., 1906
Hat előadás az általános gyógyszertan köréből; Mai H. és Fia Könyvker., Bp., 1908 (Markusovszky-féle egyetemi jubiláris előadások)
A célszerű és olcsó táplálkozás; Országos Ismeretterjesztő Társulat, Bp., 1911
Semmelweis serlegbeszéd (Bp., 1912)
Ez a Bókay, úgy látszik, intelligens ember! Egy jeles orvos a régi Pestről; szerk., sajtó alá rend. Buza Péter, tan. Kapronczay Károly, jegyz. Buza Péter et al.; Száz Magyar Falu Könyvesháza Kht., Bp., 2003
Kisebb műveinek különlenyomatai elektronikusan is elérhetőek.
Irodalom
Réti Endre: Magyar darwinista orvosok (Com. ex Bibl. Hist. Med. Hung. XXXL, 1964)
Vörös László: Adatok a Horthy-korszak egyetemi orvoskarainak társadalomszemléletéről és társadalmi meghatározottságáról (Com. ex Bibl. Hist. Med. Hung. XXXVII., 1965)
Nemes Bókay Árpád; szerk., képvál. Hilauf Zsuzsanna; PIHGY, Bp., 2006
