Apja, Bánffyhunyadi Mogyoró Benedek református pap volt, utóbb tiszántúli püspök lett. Bánfihunyadi János európai vándorlás után Angliában tanult vegyészetet, majd a londoni Gresham College-ban matematikát és alkímiát oktatott. Angliai tartózkodása elején ötvösként dolgozott, a korai angol források még aranyművesként említik. 1633-ban I. Rákóczi György a létesítendő kolozsvári akadémiára hívta, de Bánfihunyadi ezt nem vállalta angliai kötöttségei miatt. 1633-1635 körül Sir Kenelm Digby (1603–1665) famulusa volt. 1646-ban Angliából feleségével (Dorothy Colton, a Kent megyei Sir Francis Colton leánya) és négy gyermekével hazaindulva útközben Amszterdamban meghalt.