מתכננים שבדקו את השטח בשנות ה-30 של המאה ה-19 תכננו תוואי באורך 278 ק"מ, לאורך התוואי של נהר סן חואן מהים הקריבי עד לאגם ניקרגואה, וממנו לאוקיינוס השקט בתעלה שלאורכה תאי שיט שבאמצעותם ניתן יהיה להתגבר על הפרשי הגבהים (גובהו של אגם ניקרגואה הוא 32 מטרים מעל פני הים). תוכניות אחרות התבססו על נהרות אסקונדידו ופונטה גורדה, אך התוכנית המבוססת על נהר סן חואן נחשבת לחלופה הנוחה יותר.
ב-1838 פרשה ניקרגואה מהפדרציה, והכריזה על עצמאותה. ממשלתה התקשרה ב-1850 בהסכם בנה-הפעל-העבר עם היזם האמריקני קורנליוס ואנדרבילט, לפיו חברה בבעלותו תקים את התעלה בתוך 12 שנים ותנהל אותה, וכן תפעיל רכבת לאורך מסילת ברזל זמנית בין אגם ניקרגואה לבין האוקיינוס השקט, עד להשלמת התעלה. הנתיב הזמני זכה להצלחה רבה, ובמשך מספר שנים היה לנתיב הסחורות העיקרי בין ניו יורק לבין סן פרנסיסקו. פרויקט התעלה, לעומת זאת, נבלם עם השתלטותו של ויליאם ווקר על ניקרגואה, ב-1856.
כחלק מההיערכות לאפשרות של כריית התעלה, חתמו ביניהן ארצות הברית ובריטניה ב-1850 על הסכם קלייטון-בולוור, שקבע כי לאחר שתוקם תעלה, לאף אחת מהן לא תהיה שליטה בלעדית בה ותישמר הנייטרליות שלה, וכן כי לשתיהן לא יהיו שאיפות טריטוריאליות באזור.
ב-1880 החלו הצרפתים בכריית תעלת פנמה. לאחר הכישלון בהקמתה ונטישת המיזם ב-1893, שוב החלו האמריקנים לבדוק את האפשרות לכרות תעלה בניקרגואה, ואף התקבלה הסכמתו של נשיא ניקרגואה, חוסה סנטוס סלאיה, לכך שארצות הברית תחכור את שטח התעלה. שאלת מיקום התעלה, בניקרגואה או בפנמה (אז בשליטת קולומביה) העסיקה רבות את וושינגטון, ושדלנים משני הצדדים פעלו בה כדי לקדם כל אחת מהאפשרויות. ב-1899 העריכה משלחת מחקר אמריקנית כי עלות כריית התעלה תגיע לכ-138 מיליון דולרים (כ-3.37 מיליארד דולרים בערכי 2013). בסופו של דבר העדיפה ארצות הברית לרכוש מהצרפתים את הזכויות לכריית תעלת פנמה ואת הציוד, תמורת 40 מיליון דולרים, ולהמשיך בעבודות שהחלו שם. ב-1904 החלה ארצות הברית בעבודות, והן הושלמו ב-1914.
לאחר כריית תעלת פנמה
בראשית המאה ה-20 ניסה סלאיה לעניין את גרמניה ואת יפן בהסכם דומה לזה שהגיע אליו עם ארצות הברית, אך ללא הצלחה.
ארצות הברית עצמה לא זנחה לגמרי את הרעיון לכרות תעלה גם בניקרגואה. ב-1916 נחתם הסכם בראיין-צ'אמורו, המקנה לארצות הברית את הזכות לכרות תעלה במקום, וכן לחכור למשך 99 שנים את איי קורן ושטח להקמת בסיס צבאי במפרץ פונסקה, תמורת 3 מיליון דולרים (כ-65 מיליון דולר בערכי 2013). ב-1929 יצאה משלחת מחקר אמריקאית לבחון את התוואי המתאים להקמת התעלה. קוסטה ריקה, שחלק מנהר סן חואן מהווה את הגבול בינה לבין ניקרגואה, הביעה את התנגדותה למהלך, ופנתה לבית הדין האמריקאי לצדק. גם אל סלוודור פנתה לבית הדין, עקב התנגדותה להקמת בסיס צבאי אמריקני בסמוך לשטחה. בית הדין קיבל את עמדותיהן של קוסטה ריקה ואל סלבדור, אך ניקרגואה וארצות הברית לא הכירו בפסיקתו. ב-1970 ביטלו שתיהן את הסכם בראיין-צ'אמורו.
בראשית המאה ה-21 החלה ניקרגואה לבחון מחדש את האפשרות להקמת תעלה, שתתחרה בתעלת פנמה, תאפשר מעבר של ספינות גדולות מפנמקס ותקצר את המסלול מניו יורק לקליפורניה בכ-800 ק"מ, השקולים ליום הפלגה. הנשיא אנריקה בולאניוס החל לקדם את היוזמה ב-2004. חלופה נוספת שנבחנה היא הקמת גשר יבשתי, המבוסס על תשתית מסילתית. בשנת 2006 הודיע בולאניוס באופן רשמי על כוונתו להקים את התעלה. בולאניוס העריך את עלות הכרייה בכ-18 מיליארד דולרים, וכן כי הכרייה תימשך כ-12 שנים. מדינות שונות, בהן רוסיה ואיחוד האמירויות הערביות, הביעו עניין בפרויקט, אך המגעים עמן לא הבשילו.
בשנת 2012 חתמה ממשלת ניקרגואה על הסכם בנה-הפעל-העבר עם תאגיד HKND מהונג קונג, לפיו התאגיד יכרה את התעלה ויפעיל אותה ב-50 השנים הראשונות, עם אופציה להארכה ל-50 שנים נוספות. ההסכם אושר בקונגרס של ניקרגואה בשנת 2013, ברוב של 61 מול 25. עלות הפרויקט הוערכה באותה העת בכ-40 מיליארד דולרים. המצדדים בפרויקט טוענים כי פרט להוזלת העלויות הצפויה עקב התחרות עם תעלת פנמה, הוא יועיל לכלכלתה של ניקרגואה, והוא עשוי להפוך אותה לאחת המדינות העשירות באמריקה הלטינית. המתנגדים לפרויקט חוששים מהנזקים הסביבתיים שהוא עשוי לגרום לאגם ניקרגואה ולמערכת האקולוגית של נהר סן חואן. טענה נוספת היא כי התאגיד ההונג קונגי אינו מנוסה בפרויקטים מעין זה. כמו כן, לא ידוע מה תהיה עמדתה של קוסטה ריקה בנושא.
בדצמבר 2014 החל תאגיד HKND בכריית התעלה, ואולם מימון המיזם על ידי ממשלת ניקרגואה עדיין לוטה בערפל.