התחנה, שממוקמת בין כפר מנחם וכפר הרי"ף[2], ממוקמת מצפון לכביש 383, משום שהאפשרות להסטת המסילה לכיוון קריית מלאכי קשה לבנייה. למעשה, התחנה ממוקמת כשעתיים הליכה וכרבע שעה נסיעה מקריית מלאכי[3]. התחנה כוללת שני רציפים באורך של 300 מטרים, מעבר תת-קרקעי בין הרציפים, מגרש חנייה הכולל כ-200 מקומות חנייה ומתקני חנייה לאופניים. עלות ההקמה של התחנה היא כ-55 מיליון ש"ח.[4]
תחנת קריית מלאכי – יואב נמצאת על מסילת הדרום, בין תחנת הרכבת קריית גת מדרום ותחנת הרכבת מזכרת בתיה מצפון. הקמת התחנה החלה בשנת 2011 כחלק מהפרויקט של רכבת ישראל להכפלת המסילה ויישור העקומות בקו הרכבת בין לוד לבאר שבע, הכולל בין השאר את שיפור התוואי בין קריית גת לבאר שבע באמצעות מנהרות וגשרים, הקמת התחנות קריית מלאכי - יואב ולהבים - רהט וכן, שדרוג תחנת רמלה. על-פי נתוני רכבת ישראל, הקו המוכפל החדש קיצר את הנסיעה מבאר שבע לתל אביב ל-55 דקות והעלה משמעותית את מספר הרכבות היכולות לנוע בקו. אורך התוואי שעבר שדרוג במסגרת הפרויקט הוא 87 ק"מ.
בשלב הראשון (שבוצע בזמן העבודות על הכפלת המסילה לבאר שבע) נבנו רק רציפי התחנה והמעברים ביניהם בעלות של 30 מיליון שקל, מאחר שלא אושר תקציב נוסף להשלמת התחנה על ידי משרד האוצר.
ביולי 2012 נחנך הקו המשופר ונסיעה מבאר שבע לתל אביב התקצרה לכ-55 דקות,[6] אולם בניית תחנת הרכבת לא הושלמה והרכבת לא עצרה בתחנה.
בפברואר 2016 פורסם מכרז להשלמת הקמת התחנה ומאתיים מקומות חנייה.[7] הבנייה החלה באוגוסט 2016 לאחר שחברת י.ד. עשוש בע"מ זכתה במכרז. על-פי אבני הדרך היה אמור להסתיים תוך 78 שבועות עד ינואר 2018. לפי משרד התחבורה והבטיחות בדרכים אמורה הייתה התחנה להיפתח כבר במאי 2018.[8]
ביוני 2018, לטענת משרד התחבורה, נתגלו עתיקות בסמוך לצומת הגישה לתחנה, ונמסר כי הרכבת תחל את עבודתה רק לאחר פינוי העתיקות על ידי רשות העתיקות.
בתחילת הפרויקט כונתה התחנה "תחנת כפר מנחם" בשל קרבתה של התחנה לכפר מנחם, אולם ב-2017 הוחלט - אחרי מאבק - לקרוא לתחנה "קריית מלאכי – יואב" על-שם המועצה האזורית יואב, שבתחום שיפוטה הטריטוריאלי היא שוכנת, ועל-שם קריית מלאכי, שהיא העיר הקרובה ביותר לתחנה זו.[9]
לקידום השימוש בתחנה - במשך 90 ימים מיום פתיחת התחנה הנסיעה ממנה הייתה חינם, ובמשך שנתיים לאחר מכן הנסיעה הייתה בחצי המחיר, בתנאי "שהכרטיס ששימש לנסיעה הוא כרטיס לנסיעה בודדת, או הלוך ושוב, שנרכש בתחנת קריית מלאכי – יואב באמצעות כרטיס נסיעה שאינו כרטיס נייר, הנושא את תמונתו של הנוסע".[12]
כיום מופעלים על ידי משרד התחבורה שאטלים - שרות אקספרס לרכבת - בהזמנה מישובי האזור: בעבר על ידי מטרופולין ומשנת 2022 על ידי תנופה - בהזמנה לפי קריאה.
^אליאור עמר, ברוכים הבאים לתחנה, באתר "המקור" (קריית מלאכי ובאר טוביה), "במשרד התחבורה החליטו לאחרונה על השם החדש של תחנת הרכבת בכפר מנחם: תחנת קריית מלאכי-יואב", 14 במרץ 2017 (ארכיון)
