שרידי תחנת הקילומטר ה-4.5. מבנה זה שימש כמגורי פועלי התחנהמתקן ששימש כתחנת מסוף לקרונית מכלית שהעבירה מזוט ברכבת מבתי הזיקוק למילוי במכלי המזוט של המפעל, המזוט שימש כחומר בעירה להדלקת הכבשנים
בתקופת רכבת העמק נמצאו מספר תחנות ונקודות עצירה בתחומה של העיר נשר[2].
תחנת הקילומטר ה-4.5 – או בעברית "תחנת המחצבה", בערבית "חוואסה", תחנה קטנה זו נבנתה כקילומטר ממזרח לצומת הצ'ק פוסט בסמוך לכפר הקטן חוואסה במרחק 4.621 קילומטרים מתחנת חיפה מזרח ומכאן נובע הכינוי שעיגל את הנתונים. התחנה הזו הוקמה כדי לתת שירות למרכז מחסני הצבא הבריטי שהיו שם ולכן מבנה מגורי המסילאים הוא המבנה היחידי בה. התחנה לא נועדה לשירות הציבור, אולם רבים השתמשו בה, לרווחתם של הקונדוקטורים שעשו פה כסף קל. כיום ניצב במקום מבנה האבן בסמוך לשרידי הפסים, אשר שימש בעבר כמגורי הפועלים בתחנה.
תחנת בלד א-שייח' (היום תל חנן) – התחנה השנייה של רכבת העמק נבנתה בשנת 1904 כשם הכפר הערבי הסמוך. הייתה תחנת חניה בלבד עם מבנה בנוי מלבני סיליקט. ערביי המקום נודעו בהתנכלויות החוזרות ונשנות לתנועת הרכבות. בשנת 1913 חנכו הטורקים שלוחה שתחילתה בבלד א-שיח וסופה בעיר עכו. שלוחה זו פורקה במהלך מלחמת העולם הראשונה ונבנתה מחדש לאחריה על ידי השלטון הבריטי, כאשר השלוחה חוברה אז לנקודה מערבית יותר במסילה, נקודה קרובה יותר לחיפה (בתוואי המסילה הפעיל גם כיום כחלק ממסילת החוף). במהלך השנים הומרה שלוחה זו מרוחב צר לרוחב תקני.
תחנת נשר – היישוב – בעברית "נשר" בערבית "זיתון-אל-באסאטין", שימשה כחניה, במקום היה מבנה מלבני סיליקט.
תחנת נשר – המפעל – בעברית "נשר" בערבית "אל-יג'ור". הוקמה כתחנת שירות למפעל. תחנה זו הוקמה בשנת 1922 לטובת שינוע המלט המיוצר במפעל "נשר" לחיפה. התחנה שימשה לטעינת ופריקת סחורות בלבד, ולמעט קומץ עובדי המפעל לא שימשה להסעת נוסעים. התחנה נפתחה לאחר שהמהנדסים הבריטים הוסיפו פס שלישי לפסי מסילת העמק הקיימים מחיפה וכך התאפשר לתפעל לתחנה הן ציוד נייד שמיועד לשימוש על מסילה צרה (כמו שאר פסי מסילת העמק) והן לציוד נייד שמיועד לשימוש על מסילה ברוחב תקני בהתאמה לרשת מסילות הברזל שהבריטים הקימו ברחבי הארץ. המיוחדות בתחנה זו הייתה שהקטרים לא נכנסו לתחום המפעל אלא הביאו את הקרונות עד הכניסה למפעל ומשם נמשכו הקרונות פנימה באמצעות כבלים שהפעלתם הייתה מהתחנה בהתאם לצורך. לתוך המפעל נכנסו שתי שלוחות, האחת לצורך פריקת מזוט שהמפעל נזקק לו לצורך הפעלת המכונות והשנייה לצורך העמסת התוצרת, שקי מלט "פורטלנט צמנט", וכך גם בשליפת הקרונות החוצה, באמצעות הכבלים בלבד.
חידוש הקו
במסגרת תוכנית החומש של רכבת ישראל הוחלט להקים מחדש את קו רכבת העמק מחיפה לבית שאן. התוכנית, בהסתייגויות מסוימות, אושרה בידי ועדות התכנון לקראת סוף 2005 והייתה אמורה להיבנות בין השנים 2005–2008[3], אך בפועל עבודות הסלילה בקו החדש-ישן התעכבו בשל מחלוקות על הכדאיות הכלכלית של הקו ובשל עדיפויות קודמות לתקציב[4][5].
בשנת 2010 החליטה ממשלת ישראל על הקמתה של מסילת העמק, כחלק ממיזם "נתיבי ישראל", שנועד לקצר זמני נסיעה בין מרכז המדינה לפריפריה. החלטת ממשלה קבעה שמימוש המיזם, בנוסף לסלילתה של מסילת עכו – כרמיאל יתחיל במהלך שנת 2011 ויבוצע על ידי נתיבי ישראל – החברה הלאומית לתשתיות תחבורה, שעד אז עסקה בהקמת רשת הכבישים הבינעירונית בלבד, ולא על ידי רכבת ישראל, כפי שהיה עד אז. במרץ 2016 הסתיימה הנחת פסי המסילה[6]. כלל העבודות של קו הרכבת הושלמו עד קיץ 2016, והקו המחודש הופעל ב-16 באוקטובר 2016[7].
ביחס למסלול ההיסטורי של המסילה, בחלקה המערבי בין גשר פז למחלף יגור עוברת המסילה מעט מצפון לתוואי המקורי (שעבר דרך צומת הצ'ק פוסט). בין מחלף יגור לצומת העמקים עוברת המסילה בתוואי כמעט זהה לתוואי המקורי.
הקמת התחנה
במסגרת תוכנית מסילת העמק תוכננה תחנה גם בנשר, אך עקב סיבות תקציביות ומחלוקת על מיקום התחנה בניית התחנה לא מקודמת[8]. מתכנני מסילת העמק טוענו כי המיקום היחיד שהתאים לתחנה, לאור תוואי המסילה, נמצא מצפון למתחם הקניות "מבנה תל חנן" בדרך בר יהודה, באזור התעשייה והמסחר של נשר. מנגד, עיריית נשר טוענת כי היא מתנגדת לבניית התחנה במקום זה, כיוון שהיא רחוקה מדרך השלום, המתוכננת להיות מרכז העסקים הראשי (המע"ר) של העיר, ולא נגישה מספיק להולכי רגל ותחבורה ציבורית[9].
