ימה גדולה, ימת קאווייה, מילאה את השקע כמה פעמים מלפני 20,500 שנים עד לפני 300 שנים, והשאירה עדויות לקיומה בדמות ספסלים שהגלים חצבו בחלקים הגבוהים של גבעות סלטון.[1] קיימות עדויות גאולוגיות לחוף קדום של ימת קאווייה ועל קו חוף קדום זה מצאו ארכאולוגים מלכודות לדגים בנויות באבן, ושרידים מפוחמים של עצמות דגים מקומיים. קווי חוף שונים מעידים כי השקע התמלא פעמים רבות, תוך יצירת ימה באורך 180 קילומטרים ובעומק של 90 מטרים. העדויות להיווצרות האחרונה של הימה הן מלכודות לדגים שנבנו 10 מטרים מתחת לקו המים הגבוה ביותר שהן בנות 1,000 עד 300 שנים.
בתקופה המודרנית הגיעו מי השיטפון מהקולורדו בשיטפון הגדול של 1862 ויצרו אגם באורך 95 קילומטרים ורוחב 50 קילומטרים. שיטפונות נוספים אירעו ב-1884 וב-1891. השיטפון של 1891 יצר אגם באורך 50 קילומטרים וברוחב 15 קילומטרים. שיטפון גדול עוד יותר התרחש ב-1905 שעה שהקולורדו פרץ את תעלת אלאמו, תעלת הטיה שבנייתה הסתיימה ארבע שנים קודם לכן, זרם דרך הערוצים היבשים של נחלי האכזב אלאמו (Alamo) וניו (New) ויצר את ימת סלטון של ימינו בעמק קואצ'לה שבשקע.[2] סכר שהוקם ב-1907 עצר את השיטפון, אבל עדיין יש דליפות לימת סלטון.
שקע סלטון מהחלל כפי שצולם ב-29 ביולי 2013, הדלתה של הקולורדו למטה מימין