שקע יפן הוא חלק מאזור הפחתה בו נוחת הלוח הפסיפי אל מתחת ללוח אוחוצק, והוא נוצר כתוצאה מכיפוף בלוח הנוחת. שקעים מסוג זה מצויים בקדמת קשת איים, דוגמת זו המרכיבה את איי יפן.
האיים הגעשיים של הקשת נוצרו כתוצאה מהתכה של סלעי הליתוספירה, הפיכתם למאגמה ופליטתם מבעד להרי געש. התכה זו מזינה את הגעשיות של צפון האי הונשו, למשל את ההתפרצות הר הגעש בנדאי במהלך 50,000 השנים מאז היווצרו ועד התפרצותו האחרונה בשנת 1888.[3]
צלילה
ב-15 ביולי 1962 צלל צוות מחקר צרפתי לעומק שקע יפן. צלילה זו הייתה שנייה בעומקה לזו של דון וולש וז'ק פיקרד ב-23 בינואר 1960 לתהום צ'לנג'ר בשקע מריאנה.[4]
באוקטובר 2008 צלל צוות יפני ואנגלי לעומק של 7.7 ק"מ וגילה דגים ממין Pseudoliparis amblystomopsis, הנחשבים לדגים החיים בעומק הרב ביותר באוקיינוס.[5]
