שירותו הצבאי היה במסגרת הנח"ל, בשנים 1951–1954. את התואר הראשון עשה באוניברסיטה העברית, בחוגים לשפה וספרות ערבית והמזרח התיכון בעת החדשה בשנים 1954–1958. מוריו היו הפרופסורים דוד צבי בנעט, שלמה דב גויטיין, יהושע בלאו, אוריאל הד, דוד איילון וגבריאל בר. בזמן לימודיו שימש כעוזר מחקר של שלמה דב גויטיין במפעל הגניזה ולימד בבית ספר למדע המדינה של קהילת המודיעין. שמיר יצא ללימודים מתקדמים במחלקה למדעי המזרח שבאוניברסיטת פרינסטון בארצות הברית, שם קיבל את תואר הדוקטור בשנת 1960. נושא העבודה היה "הואלים של סוריה לבית אל-עט'ם, 1785-1724", והיא מציגה את המפנה שחל בשלטון העות'מאני במאה ה-18 שאיפשר את עלייתן של שושלות מושלים מקומיות. בכתיבת העבודה הדריכוהו הטורקולוג לואיס תומאס והמזרחן הלבנוני-אמריקאי פיליפ חיתי. חלק הארי של המקורות לצורך העבודה היו מסמכים שקיבל מארכיון הט'אהריה בדמשק.
עם שובו ארצה שימש שמיר כמרצה בחוג למזרח התיכון בעת החדשה באוניברסיטה העברית. ב-1966 עבר לאוניברסיטת תל אביב כמרצה בכיר, שם הקים את החוג להיסטוריה של המזרח התיכון ואפריקה בו עיצב את התוכנית להוראת המקצוע הזה בישראל. הוא כיהן כראש החוג במשך שבע שנים. בעת ובעונה אחת הקים את מכון שילוח (היום מרכז משה דיין) ללימודי המזרח התיכון ואפריקה ועמד בראשו בשנים 1966–1973. המכון התפתח כמוסד החלוצי בשטח זה בישראל, תוך שילוב מחקר קונטמפורני והיסטורי. שמיר מונה כפרופסור מן המניין בשנת 1979. בשנים 1980–2004 כיהן כמופקד הקתדרה על שם קפלן להיסטוריה של מצרים וישראל. הקתדרה קמה בעקבות הסכם השלום עם מצרים והיא עסקה במחקר וערכה ועידות בינלאומיות על תולדותיה של מצרים וקשריה התרבותיים וההיסטוריים עם ישראל במרוצת הדורות. בנוסף לכך כיהן באוניברסיטת תל אביב כראש בית הספר להיסטוריה, ישב בחבר הנאמנים ובסנאט והיה נציג האוניברסיטה במועצה להשכלה גבוהה. שמיר הקים באוניברסיטה את מרכז תמי שטינמץ למחקרי שלום ועמד בראשו בשנים 1992–1995, וכן את המכון לדיפלומטיה ושיתוף פעולה אזורי, אשר בראשו עמד בשנים 2001–2005. הוא פרש לגמלאות כפרופסור אמריטוס בשנת 2002, אך המשיך להורות בתוכנית על שם אבא אבן ללימודי בוגרים בדיפלומטיה. שמיר פעל כעמית מחקר במכון ללימודים מתקדמים באוניברסיטה העברית ובמרכז ללימודי המזרח התיכון באוניברסיטת הרווארד, וכפרופסור אורח באוניברסיטת פנסילבניה, באוניברסיטת קורנל ובאוניברסיטת קליפורניה בלוס אנג'לס. כן כיהן כ- Distinguished Fellow במכון האמריקאי למחקרי שלום הפועל מטעם הקונגרס.
שמעון שמיר הקים ב-1982 את המרכז האקדמי הישראלי בקהיר, שקם בחסות האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים וכנציג שבע אוניברסיטאות המחקר בישראל. הוא כיהן כמנהלו הראשון במשך שלוש שנים. מאז שובו ממצרים הוא חבר בהנהלה ובמועצה של המרכז. ייעודו של המרכז הוא לטפח קשרים אקדמיים בין ישראל למצרים. הוקמה בו ספרייה גדולה העוסקת בעיקר בהיסטוריה ובתרבות של ישראל, בלימודי היהדות, ובלשון וספרות עברית. סטודנטים וחוקרים מצרים נעזרים במרכז בלימודיהם ובמחקריהם, ומדי שנה נערכות בו הרצאות רבות של מבקרים מישראל. כן פועל המרכז לשימור המורשת של קהילות יהודי מצרים. – ספריות ובתי כנסת – התרבותית.
שמיר היה שגרירה השלישי של ישראל במצרים ושירת בקהיר בשנים 1988–1990. בתקופה זו השתתף ביישוב הסכסוך על טאבה, עודד שיתוף פעולה בנושאי החקלאות והכלכלה, וטיפח את הדיאלוג המדיני בין ישראל למצרים. במרס 1990, משנפלה ממשלת האחדות הלאומית והוקמה ממשלתו הימנית של יצחק שמיר, הודיע שמיר שאין הוא מתאים לייצג את האידאולוגיה שלה והתפטר מתפקידו. לאחר חתימת חוזה השלום עם ירדן ב-1994 התמנה שמיר לשגריר ישראל בירדן ושירת בעמאן בשנתיים הראשונות לקיום השגרירות. הוא קשר קשרים עם הארמון ההאשמי והאליטה הירדנית, ופעל להסרת אבני נגף שהופיעו במהלך בניית השלום. במקביל כיהן גם כראש ועדת המעקב המשותפת, שבמסגרתה נחתם מספר רב של הסכמי שיתוף פעולה מערכתיים בין שתי המדינות.
בשנים 2000–2003 היה שמיר חבר בוועדת החקירה הממלכתית, בראשות השופט אור, שחקרה את הרקע וההתרחשויות של מהומות אוקטובר 2000. הדו"ח של הוועדה נחשב מסמך מכונן לגבי יחסי יהודים וערבים במדינת ישראל.
במישור הלא-רשמי פעל שמיר בפורומים רבים של שיח ישראלי-ערבי, ובעיקר ישראלי-פלסטיני. מטרתם של פורומים אזרחיים אלה היא להגביר את ההבנה ההדדית ולהעלות הצעות לפתרון סוגיות שונות של הסכסוך. על מפגשים מסוג זה, המכונים "דיפלומטיה אזרחית", ערך שמיר יום עיון בינלאומי שהרצאותיו הוצאו לאור בדפוס. בשנת 2004 נבחר שמיר כסגן הנשיא של הארגון Parliament of Cultures היושב באנקרה ובין שורותיו נמנים אנשי-רוח ומדינאים מרחבי העולם, מהם שליש מארצות האסלאם.
שמיר עבד תקופות ממושכות בארכיונים העות'מאניים הממלכתיים באיסטנבול. ארכיונים עשירים אלה, המתעדים במפורט את פעולותיה של האימפריה העות'מאנית לאורך כל תולדותיה, מכילים יותר מעשרה מיליון מסמכים שרובם טרם נבדקו על ידי החוקרים. בהסתמך על תעודות שבדק שם, וכן על מקורות קונטמפורניים אחרים, פרסם שמיר מחקרים על סוריה העות'מאנית שהתמקדו בשאלות כגון, כיצד תרם מוסד החג' הסורי להתבססותה של אליטת הנכבדים בדמשק, ומה היו הגורמים למאבקים האלימים הבין-סיעתיים אשר הטביעו את חותמם על החיים החברתיים והפוליטיים של סוריה העות'מאנית. נושא מיוחד שהעסיק את שמיר היה השפעתו של עבדול חמיד השני על המצב בסוריה. סולטאן פרנואידי זה הקים מדינת משטרה עם רשת מסועפת של בלשים ששיגרו דיווחים מכל רחבי האימפריה למקום מושבו המבודד בארמון ילדיז. באמצעות דיווחיהם ומקורות ארכיוניים אחרים הראה שמיר בשני מחקרים נפרדים[2] כיצד חוסל המושל של סוריה מדחת פאשא שכונה "אבי הרפורמות" ומה הייתה מעורבותו של מדחת בביטויים המחתרתיים הראשונים של לאומיות ערבית בלבנון.
החברה הפלסטינית בארץ ישראל
במרכז מחקריו על החברה הפלסטינית עומדים שני מחקרי שדה צוותיים שערך בגדה המערבית[3]. המחקר על מחנה הפליטים בג'לזון היה המחקר הישראלי הראשון שחקר לעומק את המציאות החברתית והכלכלית של מחנה פליטים ואת עמדותיהם של יושביו. המחקר השני על האליטה הפרופסיונלית בערים שכם, ג'נין וטולכרם העלה ממצאים מעניינים על עמדותיהם החברתיות, התרבותיות והפוליטיות של משכילים אלה.
אינטלקטואלים והגות במצרים ובעולם הערבי
הגוש הגדול ביותר ברשימת הפרסומים של שמיר עוסק בזרמים רעיוניים, ובאינטלקטואלים המבטאים אותם, בעיקר במצרים. מחקרים הוקדשו לכל אחד מן הזרמים הבאים: סוציאליזם ערבי, מרקסיזם, פשיזם, ליברליזם, נאורות, "פילוסופיה לאומית" והיסטוריציזם. באחד המחקרים[4] נעשה ניסיון לבנות את דמותה של מערכת האמונות בזרם המרכזי של החברה המצרית על פי המידע שניתן היה לרכז מתוך סקרי דעת קהל וכתבים רעיוניים וספרותיים. הפרופיל שהתקבל מנה כעשרים וחמישה ערכים הנעים על פני הסרגל שבין מסורת למודרניות. במישור שונה חקר שמיר את פרשנותו של האדריכל המצרי הנודע חסן פתחי לגבי בית המגורים בקהיר המוסלמית והערכים שהוא מבטא[5] (שמיר גם עיצב את ביתו בהרצליה בסגנון האדריכלי הזה).
היסטוריה של מצרים בעת החדישה
מצרים היא ארץ התמחותו העיקרית של שמיר. רובו של ספר ההיסטוריה שחיבר על העולם הערבי במאה ה-19[6] עוסק בתולדות מצרים. הספר התקבל כטקסט חובה בחוגים להיסטוריה של המזרח התיכון בארץ ונדפס במהדורות רבות. בשנות שירותו בקהיר פיתח עניין בתולדות הקהילה היהודית במצרים ופרסם מחקר[7] שבחן את השאלה מדוע נשארו יותר ממחצית בני קהילה זו חסרי נתינות. אולם, עיקר פעילותו המחקרית התרכזה במצרים הרפובליקנית שקמה לאחר הפיכת 1952. שתי עבודות ראויות לציון מיוחד. במסה מקיפה[8], הפותחת ב-60 עמודים ספר שערך על ירידת הנאצריזם, הוא בוחן את הפרשנויות השונות שנתנו לתנועה זו ומציג פרשנות משלו הרואה אותה כתנועה משיחית שתקפה בעוז את שני מרכיביו של המשבר ההיסטורי באזור: העלבון והמבוכה. שמיר עקב אחרי התפתחות משטרו של אנואר סאדאת במאמרים רבים אשר קובצו בספר על מצרים בהנהגת סאדאת[9]. פרקי הספר מנתחים את הדרך החלופית שהתווה סאדאת לאחר הדה-נאצריזציה של מצרים, ואת המדיניות החדשה שגיבש כלפי ישראל, העולם הערבי והמערב.
יחסי ישראל-ערב ותהליך השלום
שמיר פרסם מאמרים רבים בנושא הסכסוך הישראלי-ערבי ועל תהליך השלום - בדגש על היחסים עם מצרים. אחד המאמרים, המסתמך על תעודות מן הארכיון הבריטי[10], חושף את התוכנית הסודית ("פרויקט אלפא") שנהגתה ב-1955 על ידי בריטניה, בשיתוף עם האמריקאים, לפתור את הסכסוך עם מצרים על חשבון ישראל אשר הייתה אמורה לוותר על חלקים מן הנגב ואף להחזיר מספר מסוים של פליטים. המאמר מנתח את דרך חשיבתם של הוגי התוכנית ומסביר את חוסר מציאותיותה. מאמר אחר[11] בוחן מחדש את מקורותיה של מלחמת ששת הימים ומתמקד בטענה כי היא פרצה בשל דיווחים בתקשורת על איומי מלחמה שהשמיעו מנהיגים ישראלים; הוא מפריך זאת בהסתמך על מברקים פנימיים של סוכנויות הידיעות. שמיר גילה עניין גם בתהליכים הלא-פוליטיים המזינים התפייסות בין אויבים, ובתוכם התהליך של "קבלת האחר". במאמר מקיף, שהתבסס על הרצאת זקס השנתית שנשא באוקספורד[12], הוא מציג את התפישה של "קבלת האחר" ביהדות ובאסלאם כפי שבאה לביטוי בכתביהם של הוגי דעות מצרים ויהודים בעת החדישה.
^“The Modernization of Syria: Problems and Solutions in the Early Period of Abdülhamid." In: Polk and Chambers (eds.), Beginnings of Modernization in the Middle East (Chicago 1968), pp. 351-382
"Midhat Pasha and the Anti-Turkish Agitation in Syria." Middle Eastern Studies X (London 1974), pp. 115-141
^מחנה פליטים בגב ההר, מחקר אינטרדיסציפלינרי של מחנה ג'לזון (עם יורם בן-פורת, ועמנואל מרקס), (תל אביב 1974), 148 עמודים.
האליטה המקצועית בשלוש ערים בשומרון (עם ר. שפירא) (תל אביב 1975), 260 עמודים. (ממצאים עיקריים התפרסמו באנגלית בקבצים מדעיים)
^"Historical Traditions and Modernity in the Belief-System of the Egyptian Mainstream." In: S.N. Eisenstadt (ed.), Patterns of Modernity II (London 1987), pp. 116-149.
^"בית המגורים בקהיר העות'מאנית ופרשנותו של חסן פתחי." בספר: וינטר ושפר (עורכים), טורקיה: העבר העות'מאני וההווה הרפובליקני (תל אביב 2007), עמודים 117-91
^תולדות הערבים במזרח התיכון בעת החדשה, 1918-1798 (תל אביב 1987), 304 עמודים
^“The Evolution of the Egyptian Nationality Laws and their Application to the Jews in the Monarchy Period.” In: S. Shamir (ed.), The Jews of Egypt (Boulder 1987), pp. 33-67
^מצרים בהנהגת סאדאת: הביקוש אחר אוריינטציה חדשה (תל אביב 1978), 263 עמודים
^“The Collapse of Project Alpha.” In: Louis and Owen (eds.), Suez 1956, The Crisis and Its Consequences (Oxford 1989), pp. 73-100.
^"מקורה של ההסלמה במאי 1967: טענת 'האיוּם הישראלי'." בספר: א. ססר (עורך), שישה ימים שלושים שנה: מבט חדש על מלחמת ששת הימים (תל אביב 1999), עמודים 56–75, 263-262. (גרסה אנגלית בספר R.B. Parker (ed.), The Six-Day War: A Retrospective)
^“Acceptance of the Other :Liberal Interpretations of Islam and Judaism in Egypt and Israel.” Journal of Jewish Studies 53/2 (Oxford 2002), pp. 201-222