יעילות השימוש בשטיפת הפה שנויה במחלוקת. מחקרים מראים כי עבור אוכלוסייה רגילה הנהנית מאספקה של פלואור במי השתייה ושאינה חולה בתחלואה דנטלית מוגברת, רוב השטיפות הקיימות אינן יעילות יותר משטיפה במים זכים. בנוסף, החומרים הפעילים הנמצאים במשחות השיניים, ובראשם הפלואור, מספקים בדרך כלל. עם זאת, שטיפות פה מסוימות יכולות להיות לעזר לאנשים עם מגבלות גופניות (כגון, בעלי פיגור שכלי או נכות מוטורית, שאינם יכולים לצחצח שיניים ביעילות) או לאנשים הסובלים מבעיות מיוחדות בחלל הפה (כגון נטייה גבוהה לעששת, מחלות חניכיים אגרסיביות או נמקיות, פצעים בחלל הפה וכן מספר שבועות מצומצם לאחר ניתוח חניכיים, עקירות שיניים או ניתוח שתלים - כל עוד ישנו פצע פתוח בחלל הפה).
בנוסף, נמצא כי החומציות הגבוהה בשטיפות דנטליות רבות עלולה לפגום בזגוגית השן[1].
מחקר תצפיתי מ-2017, על אנשים בריאים בעלי עודף משקל, מצא כי בקרב המשתמשים במי פה פעמיים ביום או יותר, היו כ-55% יותר מקרי סוכרת או מצב טרום סוכרת (שבו ערכי הסוכר גבוהים מאוד) תוך שלוש שנים, בהשוואה לאלה שהשתמשו במי פה פעם ביום או כלל לא. הסברה היא שחומרים אנטי בקטריאליים שמשפיעים על חיידקי הפה ופוגמים בהיווצרות תחמוצת החנקן בפה. פגיעה זו, החוקרים סבורים, משפיעה על תהליכים מטבוליים בגוף, מה שמגביר את הסיכון ליתר לחץ דם ואף לסיכון לסוכרת[2][3].
אלכוהול (Alcohol) - מחטא ומשמר. הדעות חלקות לגבי מועילותו בתמיסה מאחר שפועל כגורם המייבש רקמות ומפר מאזן הגופרית ברוק, כשמיעוט מחקרים אף הצביע על קשר לסרטן הפה, ולכן מרבית היצרנים מציעים כיום חלופות נטולות אתנול שבחלק משטיפות הפה מרכיב למעלה מרבע מהתמיסה, דבר שאף תועד כפוגם באמינות הינשוף בבדיקות נהיגה בשיכרות.
סידן (Calcium) - מחקרים מהתקופה האחרונה מראים, שבאופן רציף מתרחשים תהליכי פירוק (יצירת נגעי עששת רדודים) ובנייה (מינרליזציה מחודשת של נגעים אלו) על גבי השכבה החיצונית של זגוגית השן. הסידן במשחת השיניים ובשטיפת הפה חשוב למינרליזציה של נגעי עששת התחלתיים
