קנוכה החל לשחק בנוער של וולפסבורג בשנת 2005, כאשר היה בן 13. בשנת 2010 ערך קנוכה את הבכורה בקבוצת המילואים של המועדון, בה שיחק עד לשנת 2015. בעונת 2011/12 ערך קנוכה שלוש הופעות בקבוצה הבכירה של וולפסבורג בבונדסליגה, ובעונת 2012/13 ערך 11 הופעות. בעונת 2013/14 החל קנוכה לשחק באופן קבוע בקבוצה הבכירה, שסיימה עונה זו במקום החמישי, כשהוא משתף פעולה בהגנה עם ריקרדו רודריגס, נאלדו, מרסל שפר וכריסטיאן טראש. בעונת 2014/15 היה קנוכה חלק חשוב בעונה מוצלחת של וולפסבורג, בה סיימה במקום השני בליגה, וזכתה בגביע הגרמני, לאחר ניצחון 1–3 בגמר על בורוסיה דורטמונד. קנוכה ישב על הספסל בגמר זה ולא שיחק. קנוכה זכה עם וולפסבורג בסופר קאפ הגרמני בשנת 2015, לאחר ניצחון בפנדלים בגמר על באיירן מינכן. קנוכה לא שיחק גם במשחק זה. בעונת 2015/16 וולפסבורג וקנוכה סיימו עונה מאכזבת במקום השמיני בליגה, אך רשמו הישג נאה בליגת האלופות, בה הגיעו לרבע הגמר, והודחו על ידי ריאל מדריד.
ב-4 באוגוסט2020 חתם קנוכה באוניון ברלין. קנוכה שיחק באוניון ברלין במשך ארבע עונות, והיה חלק מהצלחתה הגדולה של הקבוצה, שתקעה יתד בצמרת הבונדסליגה. בקיץ 2024, לאחר עונה מוצלחת פחות של אוניון ברלין, בה ניצלה מירידה במחזורים האחרונים, עזב קנוכה את המועדון וחתם בנירנברג מהבונדסליגה השנייה.
