סקוטצברג נולד בקרלסאמן (אנ') ב-1 בדצמבר 1880 כבנו של קרל אדולף סקוטצברג (Carl Adolf Skottsberg), מנהל בית ספר, ואשתו מריה לואיסה פייפר (Maria Louisa Pfeiffer).[3]
בין 1901 ל-1903 שימש סקוטצברג כבוטנאי רשמי במשלחת השוודית לאנטארקטיקה משנת 1901 עד 1903 באונייה אנטארקטיק. בשובו לשוודיה פרסם סקוטצברג (1905) את המחקר הפיטוגאוגרפי המקיף הראשון של הצמחייה בדרום פטגוניה וטיירה דל פואגו. מאוחר יותר הוא הוביל את המשלחת המגלנית השוודית (Svenska magellanska expeditionen) לפטגוניה, 1907 עד 1909. מאמינים כי קרל סקוטצברג היה המדען האחרון שראה את העץ האחרון מהמין סנטלום פרננדזיאנום (Santalum fernandezianum) האנדמי לאיי חואן פרננדס בשנת 1908. העץ נכרת זמן קצר אחר כך.[3]
בשנת 1909 נישא לאינגה מרגרטה רויטר (Inga Margareta Reuter).
הוא היה אחראי שימור במוזיאון הבוטני של אוניברסיטת אופסלה מ-1909 עד 1914, אך הוביל את העבודה על הגן הבוטני החדש בגטבורג משנת 1915, ומונה לפרופסור ומנהל הגן שם, הגן הבוטני של גטבורג (אנ'), בשנת 1919.
^ 12Salisbury, E. J. (1964). "Carl Johan Fredrik Skottsberg 1880-1963". Biographical Memoirs of Fellows of the Royal Society. 10: 244–256. doi:10.1098/rsbm.1964.0015.