קולוניית מיוט (בצרפתית: Colonie de Mayotte et dépendances) הייתה ישות מדינית תחת חסות צרפת שהייתה קיימת בין 6 בינואר 1886 ל-23 בינואר 1896 ובין 9 בספטמבר 1899 ל-25 ביולי 1912 לפני שארכיפלג קומורו אוחד עם קולוניית מדגסקר. הקולוניה הורכבה מהאיים מיוט, אנג'ואן, גרנד קומור, מוהלי ואיי גלורייז (כולל באן דו ז'זר (Banc du Geyser)).
המבנה של הקולוניה היה שלטון מרכזי במיוט ומדינות חסות עם אוטונומיה בשלושת האיים אנג'ואן, גרנד קומור ומוהלי. האי מיוט הועדף על פני האיים האחרים בעקבות היותה צרפתית משנת 1841 לאחר קניית האי מידי הסולטן אנדיאנטסולי (צר'). בין השנים 1896–1899 הקולוניה נוהלה מראוניון.
