הקהילה היהודית בנובה זאמקי הייתה בין האחרונות שהוקמו בסלובקיה. עד אמצע המאה ה-19, נאסר על יהודים להתגורר בעיר. היהודים הורשו להיכנס לנובה זאמקי רק בימי שוק וחויבו לצאת מהעיר לפני החשכה.
באמצע המאה ה-19 הגיעו לנובה זאמקי קבוצת אנשים רובם מהעיירה הסמוכה נאג'שוראן, והקימו בנובה זאמקי קהילה יהודית. בעשר השנים הראשונות להקמת הקהילה היהודית בנובה זאמקי השתייכה הקהילה לרבנות נאג'שוראן.
אחרי מתן האמנציפציה ליהודי הונגריה לקראת סוף המאה ה-19 ואחרי קונגרס יהודי הונגריה הוכרה קהילת נובה זאמקי כקהילה נאולוגית וכבר לא הייתה שייכת לרבנות נאג'שוראן. ב-1872 הפכה הקהילה לקהילה עצמאית ולאחר כמה שנים אף נבנה בית כנסת.
בתחילה, רב הקהילה היה ר' איגנאץ קרמר עד שנבחר במקומו ר' יוסף ריכטר. לאחר שנפטר ר' יוסף מונה לרב הקהילה הרב שמואל קליין. בשנת 1926 עלה הרב קליין לארץ ישראל ושימש כמורה לגאוגרפיה היסטורית באוניברסיטה העברית.
אחריו נשיא הקהילה היה ד"ר אויגן גוט.
בתחילה היה רק בית ספר יסודי שמנה ארבע כיתות וב-1927 הוקם בית ספר חדש לכיתות ביניים.
בעיר הייתה גם קהילה אורתודוקסית שהוקמה ב-1870. הרב של הקהילה האורתודוקסית היה ר' בנימין זאב גרוסמן. אחריו היה הרב הרניק זוננקלאר ואחריו כיהן הרב יוסף טיגרמן שכיהן כרב הקהילה במשך 43 שנים. הקהילה האורתודוקסית כמו הנאולוגית הקימה בית ספר יסודי בן 5 כיתות ובהמשך גם תלמוד תורה. הרב טיגרמן גם הקים ישיבה ועמד בראשה ובשנות שלושים למאה העשרים הוקם גם בית ספר לבנות "בנות יעקב".
עם השנים הלכה וגדלה הקהילה האורתודוקסית וב-1883 הקימה בית כנסת משלה. המוסדות שהיו שייכים לקהילה האורתודוקסית היו: "תפארת בחורים", "אגודה" ו"אגודת נשים".
משנת 1884 נוהל פנקס הקהילה. ה"חברה קדישא" הייתה שייכת ל-2 הקהילות - הנאולוגית והאורתודוקסית עד 1923. בהתחלה רק ה"חברה קדישא" עסקה בפעולות צדקה ובהמשך גם "אגודת נשים" התעסקה בעניינים אלו.
היהודים הראשונים שהתיישבו בעיר היו בעיקר סוחרי תבואה וסוחרי סוסים והם תרמו רבות להתפתחות הכלכלית של המקום. בסוף המאה ה-19 התחילו יהודי המקום להתעסק גם במקצועות חופשיים כמו עורכי דין, רופאים מורים ומהנדסים.
במלחמת העולם הראשונה 85 מבני הקהילה שירתו בצבא וארבעה מהם נפלו בקרבות.
בתקופת הרפובליקה הצ'כוסלובקית, לאחר המלחמה הוכרו היהודים כמיעוט לאומי בעל זכויות והפכו למעורבים יותר מבחינה חברתית ופוליטית.
בקהילה פעל חוג ציוני בו השתתפו 2 הקהילות. נובה זאמקי אף שימשה לזמן מה כמרכז של הפעילות הציונית. גם תנועת הנוער "מכבי" הייתה פעילה בעיר והוקמה אגודת תרבות לנוער וחגים ללימודי היסטוריה יהודית ועברית. בעיר פעלו גם "השומר הצעיר", "אגודת ישראל" ו"המפלגה היהודית", ו"בני עקיבא".
החוקים האנטישמיים חלו גם על יהודי נובה זמקי שהיו חלק מהשטחים המסופחים של הונגריה. יהודים הורחקו מחיי קהילה והוגבלו בתחום הכלכלי, הגברים היהודים נלקחו על ידי הצבא לעבודות כפייה ויהודים שלא היו בעלי אזרחות הונגרית גורשו. כך חיו היהודים במשך כמה שנים כאשר הם מוגבלים בחוקים אנטי יהודיים ובביטחון יחסי. הונגריה, בהנהגת האדמירלמיקלוש הורטי, הצטרפה לגרמניה הנאצית במלחמה בברית המועצות ביוני 1941 ,ובדצמבר 1941 הכריזה מלחמה על ארצות הברית.[1]
בשנת 1942 הגיעו לנובה זמקי פליטים יהודיים מסלובקיה בעקבות פרסום תוכנית לגירוש יהודי סלובקיה.
תושבי הונגריה שהיו בגיל צבא גויסו לשירות העבודה (munkaszolgálat kisegítő קישגיטה מונקאסולגלאט בראשי תיבות KMSz) ונשלחו למחנות עבודה שם העסיקו אותם בתנאים קשים בבירוא יערות, סלילת כבישים, תחזוקת תשתיות צבאיות ובתעשייה הצבאית. כמו כן, חויבו העובדים היהודים לענוד סרט צהוב על הזרוע.[1]
ב-19 במרץ1944 פלש הצבא הגרמני להונגריה מתוך חשש שהונגריה תפרוש מהברית איתם וכך כבשה גרמניה הנאצית גם את הונגריה ויהודי הונגריה חויבו בענידת סרט זרוע צהוב ורכושם הוחרם.[1] על פי מפקד שנעשה בשבוע השני של אפריל 1944 נמנו עם הקהילה האורתודוקסית של ארשקויוור 1,144 יהודים, ועם הקהילה הנאולוגית – 964 יהודים. בתחילת מאי 1944 הוקמה מועצה יהודית שבראשה עמדו ינוש ברנפלד וליאו הורבט שהייתה אחריאת על העברת היהודים לגטו.[3]
ואחר כך נלקחו היהודים ללא שום הכנה מראש, זקנים ילדים נשים וגברים הליכה של כמה קילומטרים עד שהגיעו למבנה בית החרושת ללבנים אדומות טגלגיאר (Téglagyár).
כך כתבה אתל (אסתר) שפייזר (שהייתה תושבת נובה זמקי והועברה יחד עם כולם לבית החרושת ללבנים) לבנה הבכור רפאל שהיה במחנה העבודה:
״בני היקר, תאמין שאני אפילו לא יודעת איך לכתוב, כל־כך אני לא בשלי. אבל תאמין לי בני המתוק, לא עלי אני חושבת, אני רק חושבת, האם אני אי פעם אראה אתכם בחיים? קשה לי להתגבר על המחשבה הזאת, אבל קבלו את זה, כשנוכל אי פעם בחיים אולי לעזור לכם. אני לא מסוגלת לכתוב יותר, שאלוהים יעזור לכם, תהיו מאושרים, ושלא תדעו צער בחיים. אולי עוד ניפגש. אמא שלכם״.
— אתל (אסתר) שפרייזר, תושבת נבו זמקי
ב-9 וב-14 ביוני1944 נשלחו כל יהודי נובה זמקי שהיו למעלה מ-4,000 יהודים למחנה ההשמדהאושוויץ-בירקאו ברכבות משא של בהמות בהם הוכנסו בצפיפות רבה ובתנאים בלתי אנושיים ונסעו נסיעה שארכה שלושה ימים. במחנה ההשמדה מצאו את מותם רוב יהודי הקהילה.[1]
היו ביניהם בודדים שבדרך נס זכו להינצל. כך מספר אברהם גרשון בינט, ניצול שואה מנובה זמקי:
"הגעתי למחנה הריכוז אושוויץ ומיד קעקעו על זרועי את הספרות 140005, בכניסה קיבל את פנינו גרמני חמור סבר שביצע סלקציה מהירה וצרח 'ימינה' 'שמאלה..', בין גברים, נשים, זקנים וילדים, אמא שלי מיד הורחקה מאיתנו לצד ימין והועברה לגרמניה לבית חרושת שייצר תחמושת, ומאז לא ראיתי אותה עד האיחוד אחרי המלחמה, אני ואחי הקטן היינו מאד דומים ובאותו יום אמי הלבישה אותנו באותם בגדים בדיוק, ההבדל בגובה בינינו היה ס"מ אחד בלבד שהגרמני לא ממש ידע להבחין שאני שנה מעליו, הגרמני ניגש אליי ושאל אותי "אתה תאום?" הקב"ה הכניס לפה שלי לענות ואמרתי לגרמני "כן, אנחנו תאומים.." ומיד הוא צרח ואמר לי לזוז הצידה לי ולאחי, אחותי הקטנה בת ה3 נדבקה אליי לרגל ולא עזבה אותי, הקצין חמור הסבר שאל אותי "מי זאת..?" עניתי לו "זאת אחותי הקטנה.." והוא מיד צרח "החוצה.. לקחת אותה ימינה לצד השני", בדיעבד התברר לי שילדים ישר לקחו אותם לתאי גז, בכך שאמרתי שאני תאום חיי ניצלו, משום שבאושוויץ היה את הצורר הנאצי ד"ר מנגלה ימ"ש, שעשה ניסויי מעבדה בתאומים שהם היו כמו חיות מעבדה בשבילו, משום שהיינו ילדים קטנים לא היינו מתאימים לניסויים שלו בחסדי הקל, וכך ניצלו חיי וחיי אחי הקטן
— אברהם גרשון בינט, ניצול שואה מנובה זמקי, הילד שניצח את הנאצים
ב-1945 אחרי השואה חזרו לנובה זמקי כ-400 יהודים ששרדו את השואה.
הם מצאו עיר חרבה, בית הכנסת הנאולוגי היה הרוס וכמו כן מבנים קהילתיים אחרים. הניצולים שחזרו לנובה זמקי התאספו בבית הכנסת האורתודוקסי כיוון שבתיהם היו חרבים. עם חזרתם התארגנה קבוצה שדאגה לכל מי שחזר לאוכל ואף הכינה רשימה בה הם כתבו איפה אפשר לעזור ולמי לעזור.
הניצולים שחזרו חלמו על מדינה לעם היהודי בארץ ישראל לשם כך קוימו כינוסים ופגישות בהם השתתף גם הנוער ואף הוקמה בעיר נובה זמקי תנועה בשם "דרור" שריכזה את הנוער העברי עם תקווה להקמת מדינת ישראל בארץ ישראל.[1]
החיים הקהילתיים החלו להתפתח מחדש והמבנים שופצו הפכו לשימושיים ונפתחו מחדש, ביניהם היה בית הכנסת האורתודוקסי, המקווה, אטליזכשר, בית אבות, וחדר תרבות.
בעיר הוקמה אנדרטנה לזכר חללי נובה זמקי ומקצתם זכו אף להקבר בנובה זמקי בקבר אחים.
לילדי הקהילה המתחדשת ניתן חינוך דתי ואף הושקע בהם לא מעט בתחום התרבות: הוקמה להקת דרמה ותזמורת של ילדים.
ב-1946 החלו התקפות אנטישמיות נגד היהודים בעיר. שבעה יהודים שישבו בבית הקפה בעיר הותקפו ונפצעו.
