כשהחלו לבוא שמועות על פרעות שנערכות בעיירות היהודיות ב-1918, התארגנה בחודורקוב יחידת הגנה יהודית שהחלה להתחמש ולהתאמן. במהלך האביב והקיץ של שנת 1919 פלשו לחודורקוב מליציות שונות. כוח ההגנה היהודי מנע פגיעות קשות ביהודים, אך ספג אבדות וכוחו הלך והידלדל.
בחודש אייר נכנסה לחודורקוב מליציה בפיקודו של סוקולוב. היא נתמכה בנוצרים מקומיים, ובאישון ליל החלו לתקוף את היהודים. כוח המגן היהודי נחלץ להגנת הקהילה, אך הובס בידי הפורעים. לאחר מכן החל טבח ביהודי העיירה. כ-2000 יהודים נרצחו בשריפה, בהטבעה בנהר אירפין ובנשק קר. באחת האורוות של היהודים כינסו הפורעים כמה עשרות יהודים והעלו אותה באש עליהם. גור אלרואי מניח כי היו גם מקרי אונס[2]. בית הכנסת וספרי התורה שבו חוללו.
גופות ההרוגים נאספו על ידי כפריים מקומיים ונקברו בקבר אחים בבית הקברות היהודי, אך לא מעט גופות נותרו פזורות ברחובות ובשדות שסביב חודורקוב.
תוצאות הפוגרום בחודורקוב צולמו, והתמונות שימשו כעדות במשפטו של שלום שוורצברד שהתנקש בחייו של סימון פטליורה.
לאחר הפרעות, בשנת 1920, נמנו בחודורקוב 146 יהודים בלבד.
ב-16 ביולי1941, נכבשה העיירה על ידי הוורמאכט.
בסתיו 1941 ירו הנאצים ב-22 יהודים בחודורקוב. יתר יהודי העיירה נשלחו ככל הנראה לאחת מערי המחוז. בבית הקברות היהודי ישנם שני קברי אחים: אחד של חללי הפרעות ב-1919 ואחד של חללי הנאצים.
הקהילה היהודית לא הוקמה מחדש לאחר השואה.
אישים
במאה ה-18 התיישב בחודורקוב אחד מתלמידי המגיד ממזריטש, רבי דב בעריש מחודורקוב[3]. בראשית המאה ה-19 כיהן כרב הקהילה רבי מאיר, בעל "מאיר עיני חכמים", תלמידו של הרב זאב וולף מז'יטומיר. נכדו, הרב מאיר, כיהן אף הוא כרב העיירה[4].
