חלקות קבורה מיוחדות אלה מצויות בין החלקות השונות בבית הקברות הצבאי, ומיועדות לקברי אחים של חללים שהובאו מקרבות שהתרחשו במקומות שונים, ולעיתים אף כוללים "חללים אלמונים", שלא זוהו כלל. בנוסף, קבורים בקבר אחים בהר הרצל גם חללי המעפילים, שטבעו בניסיון לעלות לארץ ישראל בדרך הים, כגון חללי אוניית המעפילים סלבדור, שהובאו לקבר אחים המוני בחלקת המעפילים, ללא שם וללא כיתוב על מצבתם. רוב קברי האחים הללו הם מתקופת מלחמת העצמאות, ובהם גם קברים של אחים שנקברו זה לצד זה, ואף של משפחות שלמות.
בין החלקות בבית הקברות הצבאי מצויות חלקות של הנופלים בקרבות על אזור ירושלים:
בכניסה אל חלקת חללי מלחמת יום כיפור בסמוך אל חלקת גדולי האומה ישנו קבר אחים מיוחד לזכר חיילי צה"ל שנפלו בקרבות במצרים ועליו גם מצבות לזכר חיילי צה"ל שמקום קבורתם לא נודע באזור תעלת סואץ ואזור סיני.
.jpg)
