כשחזר יאנקר מההשאלה בראפיד וינה בקיץ 1996, חתם בבאיירן מינכן, שהתרשמה מיכולותיו בגביע המחזיקות. יאנקר שיחק בבאיירן מינכן שש עונות, זכה עמה בארבע אליפויות, שני גביעים, ארבעה סופר-קאפ, זכייה אחת בליגת האלופות בעונת 2001, לאחר ניצחון בבעיטות הכרעה במשחק הגמר מול ולנסיה, וזכייה אחת בטורניר הגביע הביניבשתי, לאחר ניצחון בגמר על בוקה ג'וניורס. באותן שנים, יאנקר שיתף פעולה בהתקפה של באיירן מינכן עם החלוץ הברזילאי ג'ובאני אלבר, והם יצרו ביחד חוליית התקפה אפקטיבית במיוחד. יאנקר הופיע במדי באיירן מינכן 143 פעמים, והבקיע 48 שערים.
אודינזה, קייזרסלאוטרן, שאנגחאי שנחווה ומטרסבורג
בקיץ 2002 חתם יאנקר באודינזה. יאנקר לא הסתגל לסגנון המשחק בסרייה א', והבקיע 2 שערים בלבד בשתי עונות, שבסופן עבר לקייזרסלאוטרן, שם רשם שיפור מסוים ביכולתו, ואף הבקיע שישה שערים במשחק גביע מול שונברג 95, שהסתיים בתוצאה 15-0 לטובת קייזרסלאוטרן, נתון המהווה שיא כיבושים עבור שחקן אחד במפעל הגביע הגרמני (נכון ל-2015). יאנקר ירד ליגה עם קייזרסלאוטרן בעונת 2006, ובתומה עבר לשאנגחאי שנחווה מליגת העל הסינית, שם נכשל ושוחרר אחרי שבעה משחקים. בפגרת החורף עבר למטרסבורג מהבונדסליגה האוסטרית, שם חווה עדנה מחודשת והבקיע 24 שערים ב-81 הופעות, עד לפרישתו ב-2009.
קריירה בינלאומית
יאנקר נכלל בסגל הגרמני ליורו 2000 בזכות הצלחתו בבאיירן מינכן ושיתוף הפעולה עם ג'ובאני אלבר. יאנקר לא הרשים במדי נבחרת גרמניה, ונטען כי לא הצליח להסתגל למשחק ללא אלבר כפי שנדרש בנבחרת הגרמנית. עם זאת, המשיך יאנקר להיות חלק מהנבחרת גם בטורניר מוקדמות מונדיאל 2002, בו הבקיע שער יתרון לגרמניה, במשחק בו הובסה לבסוף הנבחרת בתוצאה 5-1 על ידי נבחרת אנגליה. עם זאת, העפילה לבסוף גרמניה למונדיאל 2002. יאנקר זומן על ידי רודי פלר לסגל הגרמני לאותו מונדיאל. בטורניר זה הבקיע יאנקר שער בניצחון 8-0 על נבחרת ערב הסעודית בשלב הבתים, ופתח בכל שלושת המשחקים של גרמניה בשלב זה, אך הוחלף בכולם, ולא שיחק באף משחק בשלב הנוק אאוט, לרבות גמר מונדיאל 2002, בו הפסידה גרמניה 2-0 לברזיל. לאחר המונדיאל, יאנקר לא זומן יותר לנבחרת. ליאנקר 33 הופעות במדים הלאומיים, בהן הבקיע עשרה שערים.
קריירת אימון
יאנקר אימן לתקופה קצרה בשנת 2010 את קבוצת הנוער האוסטרית נויזיידל, ובאותה שנה החל לעבוד כמאמן הנוער עד גיל 15 של ראפיד וינה. בשנת 2013 קודם לתפקיד עוזר המאמן בראפיד וינה, תפקיד אותו מילא עד לשנת 2016. בשנת 2017 מונה כמאמן קבוצת ס.וו. הורן האוסטרית.
.jpg)
