הצו הסמיך את מזכיר המלחמה ואת מפקדי הכוחות המזוינים של ארצות הברית להכריז על שטחים בארצות הברית כשטחים צבאיים, ש"מהם ניתן להרחיק כל אדם", אך הוא לא ציין במפורש לאום או מוצא אתני כלשהו. בפועל, הצו יושם על שליש משטחה של ארצות הברית, בעיקר במערב המדינה, והופעל נגד אנשים ממוצא של מדינת אויב – יפנים. הצו הוביל לכליאתם של אמריקאים יפנים ושל אמריקאים ממוצא יפני, כ-120,000 במספר, במחנות ריכוז לכל תקופת המלחמה. מתוך היפנים שנכלאו, 62% היו צאצאי מהגרים אשר נולדו בארצות הברית והיו אזרחים מתוקף כך, והיתר היו מהגרים יפנים, חלקם אזרחים וחלקם תושבים.
אוכלוסיית האמריקאים היפנים הייתה האוכלוסייה שהושפעה בצורה המשמעותית ביותר מן הצו, שכן כל האנשים ממוצא יפני הורחקו מהחוף המערבי ומדרום אריזונה. בהוואי, שם היו 140,000 אמריקאים ממוצא יפני, כ-37% מהאוכלוסייה, נכלאו אנשים שהיוו סיכון גבוה בלבד.
אמריקאים ממוצא איטלקי או גרמני גם כן נפגעו מהגבלות אלה – 11,000 אנשים ממוצא גרמני ו-3,000 אנשים ממוצא איטלקי נכלאו, בהם גם פליטים יהודים. הפליטים היהודים שנכלאו ברחו מגרמניה, והממשל האמריקאי לא הבחין ביניהם לבין אנשים ממוצא אתני גרמני, שכן היהדות הוגדרה כדת ולא כלאום. חלק מן הכלואים ממוצא אירופאי נכלאו לתקופה קצרה, ואילו אחרים גם שנים לאחר תום המלחמה. בדומה לכלואים היפנים, היו בקרב קבוצות אלה צאצאי מהגרים שנולדו בארצות הברית, במיוחד בקרב הילדים. מקרב מדינות הציר האחרות נכלאו גם כן אנשים, אולם מספרם המדויק אינו ידוע.
מזכיר המלחמה, הנרי סטימסון, היה אחראי לסייע לכלואים בענייני תחבורה, מזון, קורת גג וצרכים אחרים.
צו נשיאותי 9066 בוטל על ידי נשיא ארצות הברית, ג'רלד פורד, ב-19 בפברואר1976. בשנת 1980 חתם הנשיא ג'ימי קרטר על חקיקה שהקימה את הוועדה ליישוב מחדש וכליאה של אזרחים בזמן מלחמה (CWRIC). הוועדה מונתה כדי לערוך מחקר ממשלתי רשמי על צו נשיאותי 9066, צווים אחרים הקשורים בזמן מלחמה ועל השפעתם על אמריקאים יפנים במערב ועל האינדיאנים באלסקה באיי פריבילוף. בדצמבר 1982 פרסמה הוועדה את ממצאיה במסמך "צדק אישי נשלל", בסכמה כי כליאת האמריקאים היפנים לא הוצדקה על ידי הצורך הצבאי. הדו"ח קבע כי ההחלטה לכלוא התבססה על דעות קדומות גזעניות, היסטריית מלחמה וכישלון המנהיגות הפוליטית. הוועדה המליצה על סעד שיעוגן בחקיקה הכולל התנצלות ממשלתית רשמית ופיצויים בגובה 20,000 דולר לכל אחד מהניצולים. קרן חינוכית ציבורית הוקמה להבטיח שדבר זה לא יחזור שנית.
ב-10 באוגוסט1988 נחקק חוק החירויות האזרחיות, בהסתמך על המלצות הוועדה, והוא נחתם על ידי הנשיא רונלד רייגן. ב-21 בנובמבר1989 חתם ג'ורג' הרברט ווקר בוש על הצעת חוק המסדירה תשלום פיצויים שישולמו בין השנים 1990 ל-1998. ב-1990 החלו הניצולים לקבל תשלומי פיצויים ומכתבי התנצלות. ההצעה התייחסה לכלואים ממוצא יפני בלבד. כלואים ממוצא גרמני או אירופי אחר לא פוצו ולא קיבלו מכתב התנצלות.
