זקסל היה בנו של התובע איגנץ זקסל. הוא גדל במשפחה אמידה ממשפחה יהודית בת המעמד הגבוה הווינאי. סבו היה יהודי אדוק, ואביו התנצר אבל לא התכחש למקורותיו. הילדים גדלו בבית חילוני ותרבות יהודית[1]
זקסל למד ארכאולוגיה והיסטוריה בווינה, ברלין ורומא. מורו העיקרי בברלין היה היינריך ולפלין. כבר בגיל 22 הוא הגיש את הדיסרטציה שלו על רמברנדט בהדרכת מקס דבוז'ק (Max Dvořák ). זמן קצר לפני כן נפגש עם ורבורג ונמנה בין תלמידיו. ב-1912/13 הוא השלים שנת לימודים אקדמית ברומא בה התרכז במיוחד בניתוח טקסטים מימי הביניים על מיתולוגיה ואסטרולוגיה. שהות זאת התאפשרה הודות למלגה נדיבה של שלוחת המכון האוסטרי למחקר היסטורי(גר') ברומא (Instituts für österreichische Geschichtsforschung zu Rom).
ב- 1913 התחתן זקסל עם אליזה ביננפלד (Elise Bienenfeld) ועקר להמבורג שם החל לעבוד בספרייה למחקרי התרבות של אבי ורבורג. בהמשך הוא קיבל על עצמו לטפל בתזות של ורבורג שעסק בהיסטוריה של האמנות, בנושאים של מיתולוגיות עתיקות הממשיכות להתקיים ובנוסחאות חזותיות ועזב את נושאי ההתעניינות המקוריים שלו על אמנות הבארוק.
ב-1919 חזר זקסל לוורבורג שחלה, בינתיים, ואושפז עד 1924 בסנטוריום לחולי נפש בקרויצלינגן. משום כך נטל זקסל יחד עם שותפתו לעבודה גרטרוד בינג את הניהול והארגון של הספרייה. בשנות העשרים עבד, בתחילה, כפריבט-דוצנט ועד 1933 כפרופסור חבר באוניברסיטת המבורג.
ב-1944 התקבל זקסל כחבר באקדמיה הבריטית. עם זאת, המאמצים שהשקיע בקידום ובתפעול מכון ורבורג באו על חשבון מחקר אקדמי עצמאי.
חיבוריו העיקריים
Verzeichnis astrologischer und mythologischer illustrierter Handschriften des lateinischen Mittelalters. Vol. 1, Heidelberg: C. Winter, 1915, Vol. 2, Heidelberg: C. Winter, 1927, [Vols. 3 & 4, Meier, Hans, and Bober, Harry, and McGurk, Patrick.]
A Heritage of Images: A Selection of Lectures by Fritz Saxl. Introduction by E. H. Gombrich. 2 vols. Harmondsworth, Middlesex: Penguin, 1970
The History of Warburg's Library. in: Gombrich, Aby Warburg. 2nd ed. Oxford : Phaidon Press, 1986, pp. 325-38
Gebärde, Form, Ausdruck, vorgestellt von Pablo Schneider, Zürich-Berlin: diaphanes, 2010, ISBN 978-3-03734-131-5
