טריטוריית פפואה (באנגלית: Territory of Papua) הייתה טריטוריה של אוסטרליה בין השנים 1902–1949.
הטריטוריה כללה את שטחי הרבע הדרום מזרחי של האי גינאה החדשה, ולפני הפיכת השטח לטריטוריה אוסטרלית כונה "גינאה החדשה הבריטית" (באנגלית: British New Guinea) ונוהל מלונדון.
שטח הטריטוריה סופח על ידי קווינסלנד בשנת 1883, על אף התנגדותה של בריטניה. ב-6 בנובמבר1884 הפך השטח לשטח חסות בריטי, וב-4 בספטמבר1888 סופח השטח לבריטניה וכונה "גינאה החדשה הבריטית" (British New Guinea), בעוד שחלקו הצפוני של השטח המהווה היום את פפואה גינאה החדשה נקרא אז "גינאה החדשה הגרמנית" (והיה בשליטה גרמנית מאז שנת 1884).
בשנת 1902 העבירה בריטניה את סמכויות השלטון בשטח לאוסטרליה ב"חוק פפואה" (Papua Act) משנת 1905 והשטח כונה "טריטוריית פפואה" (Territory of Papua). השלטון האוסטרלי באי החל באופן רשמי ב- 1906. לאחר תום מלחמת העולם הראשונה קיבלה אוסטרליה שליטה על השטח הגרמני שנקרא "טריטוריית גינאה החדשה".
עם תחילת מלחמת העולם השנייה פלשו לאי כוחות יפניים. לאחר המלחמה נקבע בחוק בשנת 1949 כי שני השטחים (טריטוריית פפואה וטריטוריית גינאה החדשה) יהוו יחד את טריטוריית פאפואה וגינאה החדשה (Territory of Papua and New Guinea) ובהמשך הפכה הטריטוריה למדינה עצמאית בשם "פפואה גינאה החדשה".