כליאתם של יפנים שהם אזרחי ארצות הברית אינה נוגדת את החוקה משום שהצורך להגן מפני מרגלים גובר על זכויותיו של קורמאטסו. השופט בלק טען כי גירוש אנשים מביתם, אף כי הוא חשוד על פי החוקה, הוא מוצדק בנסיבות של "חירום וסכנה".
בדעת רוב של שישה שופטים מול שלושה, הסכימו השופטים עם עמדת הממשל וקבעו כי כליאתם של כל האזרחים של ארצות הברית ממוצא יפני בלא משפט, היא חוקית. פסק הדין, שנכתב על ידי השופט הוגו בלאק, קובע כי הצורך להגן על המדינה מפני מרגלים גובר על הזכות האישית של אזרח ממוצא יפני כי יישמרו זכויות האזרח שלו.
החלטה זו נהפכה רק ב-10 בנובמבר1983, לאחר שקורמאטסו הגיש לבית המשפט בקשה לצו קוראם נוביס. במסגרת הצו קבע שופט בית המשפט המחוזי הפדרלי של המחוז הצפוני של קליפורניה כי ההחלטה בעניין קורמאטסו בטלה משום שבאותו מקרה הוגש לבית המשפט מידע שקרי על ידי הממשל. מאחר שצו זה דן רק בבקשה האישית של קורמאטסו, הכלל שנקבע בשנת 1944 עדיין עומד בתוקפו, ומאפשר לממשלת ארצות הברית לכלוא כל קבוצת אזרחים ממוצא מסוים בזמן מלחמה.
במהלך המלחמה נכלאו בין 112,000 ל-120,000 אזרחי מדינות הציר או אנשים ממוצא זה במחנות עקורים. בכך הופרו באופן גורף זכויות אדם כגון הזכות לחופש תנועה והזכות להליך משפטי.
פרד קורמאטסו היה אזרח אמריקני ממוצא יפני, אשר החליט להתנגד לצו הרחקה מספר 34 של הצבא האמריקני, ולהישאר בעיר מגוריו - סן ליאנדרו, מאחר שלא רצה להיפרד מחברתו, שהייתה ממוצא לבן. הוא נאסר והורשע בהפרת הצו. באף הליך לא נדונה מידת נאמנותו לארצות הברית.
בית המשפט לערעורים אישר את פסיקת הערכאה קמא, ובית המשפט העליון התיר דיון נוסף בנושא.
החלטת השופטים
השאלה שעמדה בפני בית המשפט לא הייתה האם ניתן להטיל הגבלות מסוימות על זכויות אדם על קבוצת בני גזע אחד בלבד, אלא האם בכלל ניתן להטיל הגבלות על זכויות אדם מנימוקי שעת חירום. בית המשפט קבע בהתאם כי ייתכנו זמנים שבהם טובת הציבור מחייבת הטלת הגבלות על זכויות אדם.
בית המשפט מסתמך על תקדים היראבאיאשי נגד ארצות הברית (20 U.S. 81) שבו תמך בית המשפט בהרשעה של אדם שהפר את חוקי העוצר אשר הוטלו אך ורק על אזרחים יפניים, וקבע כי עוצר על קבוצת מיעוט הוא חוקי כאשר המדינה נמצאת במלחמה עם מדינת קבוצת המיעוט.
בית המשפט דחה את הטענה כי החוקים הם חוקים גזעניים, בהסתמכו על הצדקה ביטחונית:
כמו העוצר, כך גם הכנסת אזרחים ממוצא יפני מוצדקת בשל החשש ממספר רב של אזרחים בלתי נאמנים המסוגלים לפעול כמרגלים, וזאת אף שברור לבית המשפט שמרבית בני הקבוצה הגזעית הם אזרחים שאין ספק בנאמנותם למדינה. מאחר שלא ניתן להפריד בין אותם אזרחים נאמנים ללא נאמנים, יש הצדקה להטיל עוצר על הקבוצה כולה, או להכניס את הקבוצה כולה למחנות ריכוז.
השופט בלק מצדיק את הקשיים המוטלים על האזרחים ממוצא יפנים הנכלאים במצוות השלטון כחלק מהקשיים שכל אזרח נוטל על עצמו במסגרת תקופת מלחמה:
בקביעה כי המאסר חוקי, אין אנו מתעלמים מהקשיים המוטלים על קבוצה גדולה של אזרחים אמריקנים. אולם קשיים הם חלק ממלחמה. ומלחמה היא הקצנה של הקשיים. כל האזרחים יחד, בין במדים ובין שאינם במדים חווים את מגעה של המלחמה.
בלאק קובע כי גזענות וכן כליאת אזרחים מסיבות גזעניות אסורה על פי החוקה, אולם יש לראות אם אכן מדובר בהחלטה גזענית או בהחלטה מוצדקת ממניעים צבאיים. בלאק קובע כי במקרה האזרחים היפניים, אכן מדובר במקרה בו הזמן קצר והסכנה מפני מרגלים גדולה.
השופט פליקס פרנקפורטר מסכים עם עמדת בלאק, וקובע כי בית המשפט לא צריך להתערב בהחלטות המלחמתיות של הקונגרס.
דעות המיעוט
השופט אוון ג'. רוברטס, בדעת המיעוט טען כי שגה בית המשפט בכך שבדק רק את שאלת הכנסת האזרחים למחנות ריכוז, ולא ראה את התמונה בכללותה שהיא גזענית ובלתי חוקית.
השופט פרנק מרפי, בדעת המיעוט, טען כי דעת הרוב מהווה היתר לגזענות מכוח חוק. לדבריו התוכנית היא גזענית, וסיים: "כל תושבי מדינה זו שייכים בקשרי דם למדינה זרה כלשהי, יחד עם זאת הם מהווים חלק מהתרבות החדשה של ארצות הברית. יש להתייחס לכל האזרחים כאל היורשים של החוויה האמריקנית, ויש לשמור בכל עת על זכויותיהם והחופשים המוענקים להם מכוח החוקה."
השופט רוברט ה. ג'קסון, בדעת המיעוט טען כי הכנסת האזרחים ממוצא יפני היא בלתי חוקתית והסכמת בית המשפט לכך מהווה מכה עמוקה לחירות. הוא חשש כי ההסדר ישרוד את מצב החירום וימשיך להתקיים גם לאחריו.
תוצאות פסק הדין
כיום רואים את ההחלטה לכלוא את כל אזרחי ארצות הברית ממוצא יפני, כמו גם את פסק הדין, כמעשי גזענות.
טום ס. קלארק, אשר ייצג את משרד המשפטים של ארצות הברית במקרה זה, כותב בפרק הסיום של הספר: "פקודה נשיאותית 9066: כליאת 110,000 אזרחי ארצות הברית היפניים" מאת מייסי וריצ'רד קונרט:
האמת היא שאירוע זה מוכיח שאין די בחוקה ובחוקים, וכי על אף לשונה הבלתי משתמעת לשני פנים של חוקת ארצות הברית, האומרת שלא ניתן לבטל את צו הביאס קורפוס, ועל אף התיקון החמישי לחוקה הקובע כי לא תישלל חירותו של אדם בלא משפט הוגן, שני כללים חוקתיים אלה הבאים להגן על זכויות האדם, נתבטלו לחלוטין מפני צו נשיאותי 9066.
כאמור לעיל, קורמאטסו תקף את ההחלטה בבית המשפט וזו נהפכה בשנת 1983.
ממשלת ארצות הברית שילמה בשנות ה-80 של המאה ה-20 פיצויים בגובה 1.2 מיליארד דולר ליפנים שנכלאו. בשנת 1992 חתם הנשיא ג'ורג' בוש (האב) על חוק המעניק 400 מיליון דולר נוספים.
