הסרט יצא ב-18 ביולי2001 והיה לשובר קופות כאשר הצליח בזמנו להכניס 368 מיליון דולר. עם זאת הוא קיבל את ההכנסות הנמוכות ביותר בזיכיון וכן ביקורות שליליות לרוב.
לאחר שמונה שנים מאירוע פארק היורה והאסון בלוס אנג'לס, האיים "איסלא נובלר" ושכנו "איסלא סורנה" נאסרים לכניסה אנושית, אך נער ואדם מבוגר גולשים בקרבה מסוכנת לאיים במצנח רחיפה שמחובר לסירה. צוות הספינה נעלם לפתע והשניים נאלצים לנתק את הקשר לסירה ומרחפים לעבר האי.
בינתיים, ד"ר אלן גרנט חזר לעבודת חקר המאובנים יחד עם חוקר צעיר בשם בילי ברנן. עקב האירועים בפארק היורה והמצב הכלכלי והפוליטי, הוא מתקשה לגייס כספים למחקרו החדש על אינטליגנציית הדינוזאורים. חברתו, ד"ר אלי סאטלר, עזבה אותו והתחתנה עם בחור בשם מארק דגלר ויש להם 2 ילדים, אך עדיין נותרה בקשר עמו וילדהּ קורא לו "איש הדינוזאורים". כשההרפתקן העשיר פול קירבי ואשתו אמנדה מציעים לד"ר גרנט תרומה נאה למחקרו החדש, אם יצטרף אליהם למסע אווירי מעל האי איסלה סורנה (שהתעופה מעליו נאסרה חוקית), הוא נאלץ להסכים, אף שקיבל פוסט טראומה ונשבע שלא יחזור לאי או לקשר עם דינוזאורים חיים.
למסעם מצטרף החוקר בילי ברנן, שני שכירי חרב בשם נאש וקופר וכן סוכן נסיעות בשם יודסקי. כשהמטוס מתקרב לאי, אלן מגלה שהם הולכים לנחות, בניגוד להבטחתם, הוא צועק שיעצרו ואחד המאבטחים מכה אותו מאחור ומעלף אותו. כשאלן מתעורר הוא מגלה שהם נחתו באי ושכירי החרב בודקים את השטח. אלן אומר לכולם לחזור והצוות חוזר במהירות ומתניע את המטוס. על האי נשאר קופר שמנסה להגיע אליהם, אך נטרף בידי ספינוזאורוס ענקי שנע על מסלול המטוס ומכריח אותו לנחות נחיתת אונס על צמרות העצים, מה שמרסק את המטוס. על הענפים, הספינוזאורוס מוצא אותם שוב וטורף את הטייס נאש, יחד עם מכשיר הטלפון הלוויני שלהם, אך שאר החבורה בורחת לחלקים האחוריים שמחוץ להישג ידיו. המטוס לא מחזיק מעמד על העץ ונופל והספינוזאורוס מגיע אליהם, שובר את חלונות המטוס ורודף אחריהם אך הם מצליחים להימלט. כשהם ממשיכים לנוע הם נתקלים בטירנוזאורוס רקס הניזון מנבלה, שמאתר אותם ורץ לעברם והם בורחים חזרה. הטירנוזאורוס פוגש את הספינוזאורוס ושני הענקים נלחמים ביניהם עד למות ונפילת הטירנוזאורוס לפני הספינוזאורוס הגדול יותר.
אז מגלה ד"ר גרנט את הסיבה האמיתית מאחורי ההזמנה לאי: בני הזוג קירבי הם למעשה גרושים, שחברו יחד על מנת למצוא את בנם בן ה-12, אריק, שנעלם לפני 8 שבועות בזמן שטייל עם בן-זוגה של אמנדה, בן הילברנד. שניהם חיפשו מורה דרך שמכיר את האי, והם אף לא שילמו בכסף אמיתי. ואולם מסעו הקודם של ד"ר גרנט היה אל אי אחר (איסלא נובלר) וכי הוא אינו מכיר את האי איסלה סורנה, עליו הם נחתו. למעשה גרנט, שהכיר את המינים שאינג'ן יצרה, מבין שהספינוזאורוס נוצר בדרך לא חוקית לאחר אישור חוק נגד שיבוט של דינוזאורים (בנוסף על עוד כמה מינים כמו הצרטוזאורוס, האנקילוזאורוס והקוריתוזאורוס).
החבורה מתקדמת ולהפתעתה הרעה של אמנדה, היא מוצאת את המצנח וכן את שלדושל בן זוגה לשעבר, ומסתבכת סבב חוטיו מזועזעת, אך פול מרגיע אותה שבנם בחיים. בינתיים בילי מצלם ביצי רפטורים בקינם וגונב אותם בהחבא בניסיון למכור אותם לאחר מכן במטרה לגייס כסף למחקרם שלו ושל אלן.
הקבוצה מוצאת מעבדה מוזנחת ומותקפת על ידי חבורת ולוצירפטורים. הם בורחים משם לתוך עדר של קוריתוזאורוסים ופרזאורולופוסים ובילי והקירבים מטפסים על עץ, אך אלן מתעכב עם תיק שנפל לבילי. יודסקי הולך לאיבוד ומוצא את החבורה, אך נפצע קשה על ידי הרפטורים שמשאירים אותו כפתיון לשאר הקבוצה. אלן גם כמעט מותקף על ידי הרפטורים אך הנער אריק מגיח מתוך משאית, משליך עליהם רימוני עשן ומבריח אותם.
אריק מספר לאלן שהוא הצליח לשרוד כל הזמן באמצעות משאית הפוכה בה שהה וניזון משימורים שנמצאו בה. בהמשך היום אריק ואלן נפגשים עם שאר הצוות, אך ספינוזאורוס מגיע באותו רגע והם בורחים למצפה נטוש. אלן מגלה שבילי גנב ביצי רפטורים וכועס עליו מאוד.
הקבוצה עוברת על גשר מעל המצפה שמתברר ככלוב של פטרנודונים. אחד מהם תופס את אריק ומשליך אותו לעבר קן מלא בגוזליו, אך הוא מצליח לחמוק. בילי מגיע לעזור לו, אך פטרנודונים אחרים תוקפים ופוצעים אותו ודרכו נחסמת. כמה פטרנודונים תוקפים אותם ובמהומה שמתחוללת המבנה שלהם נהרס. שאר החבורה עולה על ספינה ובורחת משם, חוצה את הנהר ומגלים צואה של ספינוזאורוס ובתוכה עצמות שכירי החרב והטלפון הלוויני שלהם. צרטוזאורוס מתקרב אליהם, אך עוזב אותם עקב הצואה של הספינוזאורוס.
בהמשך היום, יורד גשם חזק וההספינוזאורוס מגיח מתוך המים ומנסה לתפוס אותם. הקבוצה בורחת לכלוב אך, הספינוזאורוס עומד עליו וגורם לו לשקוע במים. אלן מתקשר בטלפון הלוויני לאלי וקורא לה להזעיק עזרה לאתר ב'. בינתיים, פול מנסה להסיח את דעת הספינוזאורוס וכמעט מותקף, אך אלן מצית רימון נפט ועקב שבירה של מכל הדלק הספינה עולה בלהבות ומבריחה את הספינוזאורוס.
לאחר שהגיעו ליבשה, חבורת הרפטורים מקיפה את הקבוצה, אך מתברר שהם אינם רוצים לאכול אותם אלא לקבל את ביציהם. אלן מביא להם אותם מתוך התיק והרפטורים אוספים את ביציהם ובורחים כאשר שמעו רעש של מסוקים. מסתבר שאלי שלחה צוות חילוץ מיוחד לחלץ את החבורה. הם עולים על אחד המסוקים ושם מוצאים את בילי הפצוע שלבסוף נותר בחיים. בעודם טסים הם רואים מתחתיהם להקת פטרנודונים מחפשים מקומות קינון חדשים.
צוות השחקנים
סם ניל - ד"ר אלן גרנט, פלאונטולוג מפורסם וניצול מאירועי "פארק היורה" שבני הזוג קירבי מרמים ומחזירים לאי ששנא.
ויליאם ה. מייסי - פול קירבי, אביו של אריק ובעלה לשעבר של אמנדה.
טיה ליאוני - אמנדה קירבי, אמו של אריק ואשתו לשעבר של פול.
לורה דרן - ד"ר אלי סאטלר-דגלר, חברתו של אלן שגם היא הייתה בסרט הראשון. נשואה למארק ואם ל-2. היא עצמה נשארת על היבשת בסרט.
אלסנדרו ניבולה - בילי ברנן, סטודנט תואר שני צעיר נלהב וחניכו של גרנט שיוצא איתו למסע. הוא כמעט נהרג בידי פטרנודונים אך שרד.
טרוור מורגן - אריק קירבי, בנם בן ה-12 של פול ואמנדה קירבי שאבד באי איסלה סורנה.
ג'ון דיל - קופר, שכיר חרב שנשכר בידי פול קירבי לעזור לו במציאת בנו אך הוא נטרף בידי הספינוזאורוס.
מיכאל ג'טר - אודסקי, שכיר חרב שיזם את הבאתו של גרנט לאי. למעשה הוא סוכן נסיעות שלא מבין בלחימה. נפצע ונהרג בידי הרפטורים שהשתמשו בו כפיתיון חי.
ברוס א. יאנג - נאש, טייס המטוס של בני הזוג שמטוסו נשבר לרסיסים והוא עצמו נטרף בידי הספינוזאורוס.
מארק הרליק - בן הילברנד, בן זוגה של אמנדה שריחף עם אריק בצנחן ונהרג על צמרת העץ, כנראה מאובדן דם.
חוליו אוסקר מצ'וסו - אנריקה קרדוסו, מפעיל חברת הצניחה הלא-חוקית שנראה בתחילת הסרט. הוא וחברו נהרגו על הסירה בערפל.
טיילור ניקולס - מארק דגלר, בן זוגה של אלי ואבי ילדיה.
ספינוזאורוס - הספינוזאורוס הוא הטורף הכי גדול באי. הוא נוצר בניסוי גנטי לא חוקי של דוקטור הנרי וו. נראה זכר בודד כשהחבורה נכנסת לאי שטורף את קופר ואת נאש, הורס לחבורה את המטוס ורודף אחריה. בהמשך נתקל בטירנוזאורוס איתו הוא נלחם ולבסוף הורג אותו, בשבירת מפרקתו. בהמשך הם נתקלים בצואה שלו ובתוכה מכשיר הקשר שלהם. בעודם שטים בנהר, הספינוזאורוס שוחה מאחוריהם, מגיע אליהם וכמעט מטביע אותם אך לבסוף אלן זורק עליו רימון שיוצר פיצוץ ומבריח אותו.
טירנוזאורוס - פרט אחד שניזון מנבלת פרזאורולופוס רודף אחרי החבורה אך נתקל בספינוזאורוס. לאחר קרב ביניהם הטירנוזאורס נהרג מנשיכה בצווארו מהספינוזאורוס הענקי.
ולוצירפטור - כמה פרטים רודפים אחרי החבורה לאחר שבילי גונב להם ביצים. הם טורפים את אודסקי ומנסים לפתות את החבורה אליו ובהמשך מדביקים אותם אך רוצים שהם יחזירו להם את הביצים הגנובות. לאחר שהם מחזירים להם אותם מגיעים מסוקים שמבריחים אותם מהחבורה.
צרטוזאורוס - נוצר על ידי ד"ר הנרי וו בדרך לא חוקית. נראה פרט אחד שרוצה לתקוף את החבורה אך מריח את צואת הספינוזאורוס ומתרחק מהם, מחשש מבעליה.
אנקילוזאורוס - נוצר על ידי ד"ר הנרי וו בדרך לא חוקית. נראים מספר פרטים כשהחבורה שטה בספינה על הנהר. הם גם חלפו ביער כשבילי והקירבים חיפשו את אלן.
ברכיוזאורוס - נראים מספר פרטים כשהחבורה מגיעה עם המטוס לאי ובהמשך כשהיא שטה בספינה על הנהר.
קומפסוגנתוס - נראים מספר פרטים ליד המשאית שבה אריק ואלן. אריק אומר שע"י שתן של טירנוזאורוס אפשר להדוף להקה שלהם.
קוריתוזאורוס - נוצר על ידי ד"ר הנרי וו בדרך לא חוקית. עדר של פרזאורולופוסים וקוריתוזאורוסים שנע ביער עוזר לחבורה להימלט מהרפטורים.
פרזאורולופוס - עדר של פרזאורולופוסים וקוריתוזאורוסים שנע ביער עוזר לחבורה להימלט מהרפטורים. בהמשך נראים מספר פרטים כשהחבורה שטה בספינה על הנהר. נראה גם טירנוזאורוס שניזון מבשר של פרזאורולופוס שצד.
סטגוזאורוס - נראים מספר פרטים מהמטוס ובהמשך כשהחבורה שטה בספינה על הנהר.
טריצרטופס - נראים מספר פרטים ממבט אווירי כשהחבורה מגיעה עם המטוס לאי.
פטרנודון - החבורה נכנסת לכלוב הפטרנודונים לפני הנהר ואחד מהם תופס את אריק ומשליך אותו לפני קינו וצאצאיו אך אריק בורח להם. בילי מנסה לעזור לו אך קבוצת פטרנודונים עטה עליו וחוסמת את דרכו. החבורה חשבה שהוא מת אך בהמשך מגלה שהוא נשאר בחיים. בסוף הסרט נראים מהמטוס מספר פטרנודונים עפים בחיפוש אחרי מקום קינון חדש.
בריוניקס וסוקומימוס - מוזכרים בידי בילי המזהה את הספינוזאורוס אליהם בטעות.
המשכיות ואזכורים לסרטים הקודמים
אלן שואל את אריק אם הוא קרא את הספר של מלקולם (ג'ף גולדבלום) ואריק עונה לו שכן, ושהוא לא אהב את הספר כי הוא כולו מלא "כאוס".
בתחילת הסרט, אלן מזכיר את התקרית בפארק היורה וכן את התקרית בסן דייגו (העולם האבוד).
אלי סאטלר מופיעה בקטע קצר בתחילת ובסוף הסרט ומתברר לצופים שהיא ואלן נפרדו וכעת היא נשואה לאדם אחר.
התיבה קולית של הרפטור שבילי הביא לאלן מזכירה את הטופר שהיה לאלן בסרט הראשון.
בדומה לסרט הראשון, אלן מסכים להגיע לאי לאחר שמליונר הציע לשלם לו עבור החפירות הארכאולוגיות בתמורה. הפעם, אותו מיליונר מתגלה כמתחזה.
אלן קורא לבילי "ג'ון האמונד" לאור מעשיו, אזכור לצרות שהאמונד הכניס אותו עבור בצע כסף.
אריק הוא הילד הרביעי שמופיע בסרט שקשור לפארק היורה, הראשונים היו טים, לקס וכן קלי, בתו של מלקולם.
