המבנה הוקם בשנת 1565 כארמון עבור משפחת מארקלו, משפחת אצולה ונציאנית. במהלך המאה ה-19 שופץ המבנה בסגנון "גותי - ונציאני" ונוספו למבני עיטורי החלונות האופייניים לסגנון זה. השיפוץ נעשה ביוזמת הארכידוכס פרדריך פרדיננד לאופולד מאוסטריה אשר רצה להציג את עוצמת בית הבסבורג בוונציה על ידי בניית ארמון תואם על גדת התעלה הגדולה (באותה עת אוסטריה-הונגריה קיבלה חזקה בעיר ונציה בעקבות ניצחונותיהם על נפוליאון בונפרטה).
בשנת 1878 רכש את המבנה הברון ריימונדו פרנקטי (בעלה של שרה לואיזה דה רוטשילד) ושכר את שירותי האדריכל קאמילו בוייטו לשפץ את המבנה. בוייטו הקים את גרם המדרגות המפואר המצוי כיום במבנה.
בספטמבר 1922 נמכר המבנה למכון הפדרלי האיטלקי לאשראי עבור מחוז ונציה (Istituto Federale di Credito per il Risorgimento delle Venezie).
ב-8 בספטמבר1999 הפך המבנה למקום מושבו של המכון הונטי למדע ולאמנויות.