פרייר נולד בביטום שבפולין, ובגיל 11 היגר עם הוריו לגרמניה, שם התמקמה משפחתו בעיר ארנסברג. פרייר החל לשחק כדורגל כילד עוד בפולין, וכאשר עבר לגרמניה כישרונו בלט לכל, והוא אף קיבל הצעה מבורוסיה דורטמונד, אך אביו סירב לעבור לדורטמונד. לכן, חתם פרייר בגיל 16 בקבוצת הנוער של בוכום. בעונת 1997/98 החל פרייר לשחק בקבוצת המילואים של בוכום. בנובמבר 1999 ערך פרייר את הופעת הבכורה שלו במדי הקבוצה הבכירה של בוכום, ששיחקה אז בבונדסליגה השנייה, במשחק ליגה מול וולדהוף מנהיים, כאשר החליף את דלרון באקלי בדקה ה-89. בסיום אותה עונה, 1999/00, חגג פרייר עם בוכום העפלה לבונדסליגה, בעונה בה ערך שש הופעות בקבוצה הבכירה, אך הצטיין בעיקר בקבוצת המילואים, בה הבקיע 11 שערים. בעונת 2000/01 הפך פרייר לשחקן הרכב קבוע בבוכום ששיחקה בבונדסליגה, ושיתף פעולה בקישור עם סורן קולדינג, סבסטיאן שינדצילורץ ויילדיריי בשטורק. באוגוסט 2000, במחזור הראשון של עונה זו, ערך פרייר את הופעת הבכורה שלו בבונדסליגה, בניצחון 1-0 על קייזרסלאוטרן. באפריל 2001 הבקיע פרייר את שער הבכורה שלו בבונדסליגה, בתיקו 1-1 מול שאלקה 04. פרייר ובוכום נשרו בתום עונה זו בחזרה לבונדסליגה השנייה מהמקום האחרון, אך חזרו לבונדסליגה כעבור עונה אחת, 2001/02, בה פרייר הצטיין והבקיע שבעה שערי ליגה, וסייע לבוכום לסיים במקום השלישי המוביל לבונדסליגה. בעונת 2002/03 פרייר הבקיע שוב שבעה שערים, וסייע לבוכום לסיים במקום התשיעי בבונדסליגה. בעונת 2003/04 ירדה תפוקתו של פרייר לשער אחד בלבד, אך הוא היה חלק חשוב בעונה מצוינת של בוכום, שסיימה במקום החמישי בבונדסליגה והשיגה כרטיס לגביע אופ"א. פרייר שיתף פעולה בעונה זו עם סאנדיי אוליסה, דריוש ווש ותומאש זדבל. בסיום עונה זו, עבר פרייר לבאייר לברקוזן.
באייר לברקוזן
בתקופתו בבאייר לברקוזן, שיתף פרייר פעולה בקישור עם שחקנים כקרסטן ראמלו, יאצק קז'ינובק, ברנד שניידר ואחרים. פרייר הבקיע שישה שערים בעונת הבכורה שלו בבאייר לברקוזן, 2004/05, וסיים עם הקבוצה במקום השישי בבונדסליגה. באותה עונה השתתף פרייר עם לברקוזן בליגת האלופות לראשונה בקריירה שלו, והיה חלק מהגעתה של הקבוצה לשמינית הגמר, שם הודחה על ידי ליברפול במפגש כפול. בעונת 2005/06 שוב הבקיע פרייר שישה שערי ליגה, וסייע ללברקוזן לסיים חמישית. באותה עונה הודחו פרייר ולברקוזן כבר בסיבוב הראשון של גביע אופ"א באופן מפתיע, על ידי הקבוצה הבולגרית צסק"א סופיה. גם בעונת 2006/07 סיימה לברקוזן חמישית, כשפרייר מבקיע שלושה שערי ליגה. בעונה זו ערך פרייר 11 הופעות בגביע אופ"א, שם הגיעה הקבוצה לרבע הגמר, והודחה על ידי אוסאסונה. בעונת 2007/08 ירד מעמדו של פרייר בקבוצה, כאשר הוא ערך 19 הופעות ליגה בלבד, והבקיע שני שערים. את העונה הזו סיימה לברקוזן במקום השביעי. באותה עונה, הבקיע פרייר את שער הבכורה שלו במסגרות אירופאיות, בהפסד 2-1 לספרטק מוסקבה במסגרת שלב הבתים. לברקוזן ופרייר הגיעו בעונה זו עד לרבע הגמר, שם הודחו על ידי זניט סנט פטרסבורג. בתום עונת 2007/08 עזב פרייר את באייר לברקוזן לאחר ארבע עונות, ושב למועדון נעוריו בוכום.
קדנציה שנייה בבוכום
עם חזרתו לבוכום, חתם פרייר במועדון על חוזה לחמש שנים. בעונת 2008/09 סיימו בוכום ופרייר במקום ה-14 בבונדסליגה, כשפרייר הבקיע שער אחד, ושיתף פעולה בקישור עם כריסטוף דברובסקי, כריסטיאן פוקס, מימון אזאוג ואחרים. בעונת 2009/10 הבקיע פרייר שני שערי ליגה, אך הקבוצה נשרה לבונדסליגה השנייה. פרייר המשיך לשחק בבוכום ארבע עונות מלאות נוספות, בכולן היה שחקן הרכב קבוע, אך לא הצליח להעפיל איתה בחזרה לבונדסליגה. במקביל ערך פרייר מספר הופעות בקבוצת המילואים. בתום עונת 2013/14 פרש פרייר ממשחק פעיל.
קריירה בינלאומית
במאי 2002 ערך פרייר את הופעת הבכורה שלו במדי נבחרת גרמניה, במשחק הכנה למונדיאל 2002, בו הביסה גרמניה את נבחרת כווית בתוצאה 7-0. למונדיאל עצמו פרייר לא זומן. לאחר המונדיאל, פרייר היה שחקן חשוב בנבחרת גרמניה, וביוני 2003 הבקיע את שערו היחיד במדים הלאומיים, בניצחון 4-1 על נבחרת קנדה במשחק ידידות. פרייר נכלל בסגל ההתחלתי של גרמניה ליורו 2004, אך נופה לקראת הטורניר בגין פציעה. פרייר זומן גם לסגל הגרמני ההתחלתי למונדיאל 2006, אך נופה מהסגל לקראת הטורניר. במרץ 2007 ערך פרייר את הופעתו ה-17 והאחרונה במדים הלאומיים, בהפסד 1-0 לנבחרת דנמרק.
קריירת אימון
לאחר פרישתו החל פרייר לעבוד בבוכום כעוזר מאמן. בשנת 2015 שימש פרייר עוזר מאמן בקבוצת הנוער עד גיל 16 של בוכום, ובאותה שנה מונה כעוזר המאמן של קבוצת הנוער עד גיל 19.
