פאדי מקניר התגלה בקבוצת הנוער של מנצ'סטר יונייטד בצפון אירלנד על ידי הסקאוט טוני קולטר בגיל 12, מקניר היה נוסע עם קבוצת הוער של יונייטד בחופשות מבית הספר. בסופו של דבר חתם מקניר על חוזה במנצ'סטר יונייטד ב-2011 לאחר שהרשים את סוכני הקבוצה בקבוצת הנוער הראשונה שלו בליקלייר קולטס בתפקיד הקשר. כאשר התאמן בקבוצת הנוער של יונייטד הוצב בעמדת הבלם על ידי מאמן קבוצת הנוער פול מקגינס.
את הופעת הבכורה שלו בקבוצה הבוגרת של מנצ'סטר יונייטד ערך ב-27 בספטמבר2014 בניצחון 1–2 על ווסטהאם יונייטד בפרמייר ליג באצטדיון הביתי אולד טראפורד, במשחק הזה פתח מקניר מספר פציעות של שחקני הגנת הקבוצה. מקניר זכה לשבחים מהאוהדים ומהמאמן לואי ואן חאל על הגנתו החזקה והטובה. מקניר פתח במשחקים הבאים ועזר לקבוצתו ליצור רצף של ארבעה ניצחונות רצופים. ב-10 בפברואר2015 האריך את חוזהו במנצ'סטר יונייטד עד יוני 2017.
.jpg)
