בסיווןה'תרס"ז (1907) ייסד את ישיבת אהל מועד ובראשה העמיד את הרב רפאל שלמה לניאדו. הרב עזרא שימש בישיבה כמשגיח וכמנהל אדמיניסטרטיבי. הישיבה נסגרה בשנת 1917 בשל הקשיים החמורים בירושלים אז, מהם סבלו גם ישיבות אחרות, וחלק ניכר מתלמידיה שהיו תושבי חו"ל עזבו את הארץ.
הלך לעולמו בי' בסיוון ה'תרצ"ו (31 במאי 1936), ונקבר בהר הזיתים בירושלים.
משפחתו
לרב עזרא נולדו חמישה בנים ושתי בנות. בנו הבכור הרב אהרון היה שד"ר, עסקן ורב ירושלמי[2]. בנו הרב אברהם הררי רפול היה זקן רבני ארם צובא, ובתו אסתר חיה נישאה לרב יעקב עדס.
חיבורו
הכין עזרא - לקט מכתביו בענייני תורה ומוסר, הודפס לאחר מותו בשנת התשמ"ב ויצא שוב מחדש על ידי צאצאיו בשנת התשע"ט.
לקריאה נוספת
ח' מקובר, חכמי ארם צובא - מסכת חייהם של מאורי האומה שחיו בארם צובא, ירושלים ה'תשס"ג (עמ' 150 - 156)