עונת 2003/2004 בליגה הלאומית הייתה העונה החמישית של הליגה הלאומית כליגה השנייה בחשיבותה בכדורגל בישראל. הליגה החלה ב-12 בספטמבר 2003 והסתיימה ב-22 במאי 2004.
על ניצחון במשחק הוענקו שלוש נקודות ונקודה בודדת הוענקה על תיקו.
הליגה כללה 12 קבוצות. העונה הסתיימה בניצחון של הפועל חיפה שעלתה לעונת 2004/2005 לליגת העל לצד הפועל נצרת עילית.
הפועל רמת גן שרק בעונה הקודמת זכתה בגביע המדינה ירדה לליגה השלישית בסיום העונה. בנוסף לכך לליגה השלישית ירדה מכבי קריית גת בעקבות בעיות תקציביות.
ג'ף טוטואנה מהפועל חיפה היה מלך השערים של העונה עם 16 כיבושים.
טבלת הליגה
- ^ תוך הורדת נקודה
- ^ בגלל בעיות כלכליות-תקציביות
קישורים חיצוניים