ספרטק הוקמה בשנת 1989 וכבר בשנת 1990 השתתפה באליפות הראשונה בברית המועצות וסיימה במקום השלישי. בשנת 1991, באליפות ברית המועצות שחזרה את התוצאה.
בזכות התוצאות שהושגו, ספרטק נכללה באליפות רוסיה הראשונה בשנת 1992. אבל המועדון התמודד בשם "ספרטק-פראובראז'ניה" וסיים אז במקום השמיני. באותה השנה הגיע המועדון עד לגמר גביע רוסיה, בו, בתוספת הזמן, הפסידה לאלופה אינטרוס באצטדיון טורפדו במוסקבה בתוצאה 3–4.
בגלל קשיים כלכליים, המועדון התפרק ובעונת 1993 חלק משחקני הקבוצה עברו למועדון "SKIF-Femina" ממלאחובקה שליד מוסקבה.
חזרתה של ספרטק התרחש בשנת 1997, אז הופיע מועדון בשם קטיושה-ספרטק.[1] בעונת 2001, נרכשה הקבוצה דיאנה וכתוצאה מהרכישה, שמה שונה ל"ספרטק".
בשנת 2005, ספרטק סיימה לראשונה במקום החמישי בליגה הבכירה, ובשנת 2006 המועדון השיג את התוצאה הגבוהה ביותר באליפויות רוסיה, כשסיים במקום השני. בנוסף, ספרטק העפיל פעמיים לגמר גביע רוסיה, אך בשתי הפעמים הפסיד לקבוצת רוסיאנקה.
עם זאת, לאחר עונת 2006 המועדון חדל להתקיים. ספרטק הוקמה שוב בשנת 2014, אך לא מצליחה לשחזר את ההישגים ההיסטוריים והתמודדה בליגות הנמוכות.
באוקטובר 2023, הושקה מחדש כקבוצת בת של ספרטק מוסקבה, הקבוצה התמודדה באליפות כדורגל הנשים מעונת 2024. בעונת הבכורה סיימה במקום השלישי.
