בורדיסו החל את הקריירה שלו בקבוצה הארגנטינאית בוקה ג'וניורס. הוא ערך את הופעת הבכורה שלו בקבוצה הבוגרת כבר בגיל 17 ובמהרה הפך לשחקן הרכב קבוע ולאחד מכוכבי הקבוצה. הוא שיחק בקבוצה במשך 5 שנים, במהלכן שיחק ב-102 משחקים והבקיע 3 שערים. עם בוקה זכה בורדיסו בשתי אליפויות, 3 פעמים בגביע הליברטדורס ופעמיים באליפות העולם לקבוצות.
ב-2004 עזב בורדיסו את בוקה וחתם על חוזה ל-4 שנים עם מועדון הכדורגל האיטלקי אינטר מילאנו, תמורתו קיבל כ-3.5 מיליון אירו. בעונתו הראשונה בקבוצה נאלץ בורדיסו לבלות את מרבית זמנו בארגנטינה ליד מיטת בתו שחלתה בלוקמיה. ב-2006 האריך את החוזה בשנה נוספת. ב-2007, בעת משחק בין אינטר לולנסיה במסגרת ליגת האלופות נקלע בורדיסו לקטטה בין צוותי הקבוצות, במהלכה שחקן ולנסיה דייוויד נאברו הכה אותו ושבר את אפו[1].
למרות ההערכה המקצועית הגדולה, מתקשה בורדיסו לתפוס מקום בהרכב הקבוצה, הוא יכול לשחק בכל עמדה בהגנה אם כי עמדתו המקורית היא כבלם.