מוצא הנחל ממוקם בגובה של כ־420 מטרים מעל פני הים בגבעות להב, כקילומטר וחצי מדרום־מזרח ללהבים וכשלושה קילומטרים מצפון־מערב ללקייה. כיוון הזרימה הכללי שלו הוא מערבה.
לאחר שיורד מגבעות להב חולף הנחל מתחת למסילת הדרום, דרך יער דודאים ומתחת לכביש 40, כקילומטר וחצי דרומית למחלף עידן הנגב. לאחר מכן זורם הנחל מצפון לקיבוץ גבעות בר, חולף מתחת לכביש 310 ומהווה את הגבול הדרום־מערבי של העיר רהט. בסופו, בגובה של כ־165 מטרים מעל פני הים, נשפך נחל פחר לנחל גרר.[1]
ב-2006 נערכו חפירות ארכאולוגיות על הגדה הדרומית-מערבית של הנחל בטעם רשות העתיקות שבהם נמצאו מנזר וחווה.[4] בחפירה מ-2014 נחשף מבנה מהתקופה העות'מאנית המאוחרת–המנדטורית.[5]
