הוא היה מנהיג בולט בקרב הסיעה הרפובליקנית בסנאט, ולראיה עמד בראש הוועידה הרפובליקנית בשנים 1973–1975. בבחירות 1974 לא התמודד לתקופת כהונה נוספת. שלושה ימים טרם פגה כהונתו, התפטר קוטון כדי לאפשר למושל ניו המפשיירמלדרים תומסון למנות את לואיס ויימן למלא את מקומו. קוטון שב לגבעת הקפיטול באוגוסט 1975 לאחר שנדחו הבחירות לבחירת יורשו[3]. אלה היו הבחירות הצמודות ביותר לסנאט בהיסטוריה של ארצות הברית, שעברו שתי ספירות של קולות הבוחרים ובעקבות זאת ויכוחים יצריים במליאת הסנאט, אשר אשר הסכימו שני המועמדים לצאת לבחירות ביניים. קוטון חזר לסנאט כמינוי זמני עד הבחירות המיוחדות בספטמבר 1975, שבניגוד לפעמים קודמות לא ערערו עליהן. אי לכך חזר קוטון ללבנון. במשך 43 שנה היה הסנאטור האחרון שחזר לסנאט באמצעות מינוי, עד אשר מינה מושל אריזונהדאג דוסי את ג'ון קייל למלא את מקומו של ג'ון מקיין ב-2018.
קוטון נפטר ב-24 בפברואר1989 בלבנון והיה בן 88 במותו. הוא נטמן בבית העלמין סקול סטריט שבעיר[4].