מרכוס גדל במחלקת הנוער של מכבי תל אביב והשתייך לנבחרת הנוער. בגיל 16 הצטרף לקבוצת הבוגרים (עונת 1977–1978) ושיחק ב-7 המשחקים האחרונים של העונה, במקומו של השוער הראשון של הקבוצה, יוסף סורינוב.[1] בעונת 1978–1979 שיחק רק בקבוצת הנוער ולא היה שותף לעונת האליפות של הבוגרים. בעונות 1979–1984 שיחק כשוער ראשון במכבי תל אביב. בעונת 1982–1983 הופיע מרכוס בנבחרת העונה.[2]
בעונת 1984–1985 הושאל לקבוצת מכבי פתח תקווה, איתה שיחק שתי עונות בליגה הלאומית.[1] את עונת 1986–1987 התחיל ללא קבוצה ונסע לנסות מזלו בארצות הברית, משם חזר לאחר כחודש ימים.[3] מרכוס היה מעוניין בהעברה ולא בהשאלה ולזה קבוצת האם שלו מכבי תל אביב סרבה.[4]
בעונת 1988–1989 שבר את ידו ונעדר מספר שבועות מהמשחקים.[8] בעונת 1989–1990 שוב שבר את ידו בחודש מרץ וגמר את העונה.[9] מרכוס חזר לשחק רק במחזור הרביעי של עונת 1990–1991.
בעונת 1991–1992 הצטרף לסקציה נס ציונה מהליגה הארצית. בעונת 1993–1994 עבר למכבי יבנה. בהמשך שיחק בבית"ר לוד ומ.ס. גבעת שמואל בליגות הנמוכות. מרכוס פרש ממשחק בסוף עונת 1998–1999 בגיל 38.
