בנובמבר 1941, עם תחילת הגירוש של יהודי גרמניה למזרח, העניקו בני הזוג ליסט מקלט ליהודי בשם פרדיננד שטראוס, אותו הכירו לפני המלחמה על רקע עסקי. בני הזוג הסתירו את שטראוס עד מרץ 1942. פועל שעבד בחוותם של הזוג ליסט הלשין עליהם. שטראוס עצמו נמלט לשווייץ וכך שרד בשואה.
הזוג נחקר והיינריך נאסר ונשלח למחנה הריכוז דכאו. באוקטובר 1942 קיבלה מריה מכתב שמספר כי הוא מת - כביכול עקב זיהום ברגלו, אולם מכיוון שזו הייתה פרקטיקה ידועה של הסתרת סיבת המוות האמיתית יש חשד ממשי כי נרצח. בנם יעקב הוכרז כנעדר בחזית המזרחית באוגוסט 1944. לבני הזוג היינריך ומריה ליסט הייתה בת נוספת, מרגרט.
הנצחה
מורים ותלמידים בתיכון במיכלשטאדט תיעדו את הסיפור, והדבר הגיע לידיעת יד ושם. בשנת 1992 הכיר יד ושם בהיינריך ומריה ליסט בתור חסידי אומות העולם. בעיר הסמוכה ארבך אים אודנוולד נקרא רחוב על שם היינריך ליסט.