ככל שמתקדמים ממזרח למערב במפרץ חיפה המפרץ מעמיק וחלקו המזרחי הוא למעשה חלק מעמק זבולון ששקע לאחר תקופת הקרח האחרונה מתחת לפני המים.
למפרץ חיפה נשפכים שני נחלי איתן גדולים: נחל קישון ונחל נעמן. ספיקתם של שני הנחלים הללו הצטמצמה מאז קום המדינה בשל שאיבת מים ממקורותיהם, ובעשורים האחרונים מימי שני הנחלים הזדהמו בשל הזרמת שפכים מבסיסים צבאיים, מפעלים ועוד. בשפכו של נחל קישון למפרץ הוקם נמל הקישון - נמל משנה לנמל חיפה. למפרץ נשפכים עוד כמה נחלי אכזב הנובעים בכרמל.
השמירה על איכות הסביבה בנחלי מפרץ חיפה בידי שתי רשויות ניקוז נחלים: בדרום המפרץ - רשות ניקוז ונחלים קישון, ובצפון המפרץ - רשות ניקוז ונחלים גליל מערבי (תחום אחריותן של שתי הרשויות משתרע גם מעבר למפרץ חיפה).
בתקופת המנדט הבריטי בארץ ישראל, מטוסים אמפיביים בקווי טיסה מסחריים המריאו ונחתו במפרץ. חברת התעופה הבריטית אימפריאל איירווייז המוכרת כיום יותר כבריטיש איירווייז, הפעילה קו טיסות בינלאומי שיצא מלונדון, עצר במעגן טבריה והמשיך למדינות במזרח הרחוק שהיו תחת שלטון בריטי. במקביל, היו טיסות שהגיעו מהדרום ועצרו בחוף ים המלח[1]. כאשר התרסק אחד המטוסים הימיים בכנרת, בשנת 1942 בגלל סופה עזה פסקו הנחיתות הימיות בכנרת[2]. אחרי שהנחיתות הימיות בכנרת פסקו, הן המשיכו בים המלח ובמפרץ חיפה. לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה, עם הצטרפותן של בריטניה ואיטליה ללחימה, הופסק השימוש האזרחי במטוסים אמפיביים בארץ ישראל[3]
