ב-3 באפריל 2011 הודיעו המהנדס ואיש העסקים נגיב סאווירס, וקבוצת אינטלקטואלים ופעילים פוליטיים על הקמת המפלגה והכריזו על מצעה, על יעדיה ועל עקרונות היסוד של המפלגה.[6] בין חברי המפלגה הבולטים האחרים נמנו המדען האמריקני המצרי פארוק אל-באז,[7] המשורר הערבי המצריאחמד פואד נגם, הסופר גמאל אל-גיטאני ויזם התקשורת חאלד בישארה.[8]
ביולי 2011 התגלעו סכסוכים בתוך המפלגה. סיעה פנימית שכונתה "קבוצת 17" האשימה את ההנהגה הלאומית בשיטות לא דמוקרטיות בבחירת מנהיגים מקומיים במחוז דמיאטה ובסובלנות כלפי חברים לשעבר במפלגה הדמוקרטית הלאומית, מפלגת השלטון שתחת משטר מובארכ שפעילותה נאסרה. חמישה מהמתנגדים הוחרגו מרשימת מהמפלגה, וסומנו כ"עושי צרות" על ידי גורמי המפלגה. אף על פי כן, באוגוסט אותה שנה דיווחה המפלגה שהיא מונה 100,000 חברים.
הגוש המצרי ובחירות 2011/2012
המפלגה הייתה מרכיב בלתי נפרד מהגוש המצרי, ברית בחירות רחבה המתנגדת לאחים המוסלמים, שנוסדה ב-16 באוגוסט 2011. הגוש המצרי נקט בגישת הגנה על החילוניות והחברה האזרחית של מצרים.[9] עם זאת, עד לבחירות הפרלמנטריות הראשונות שלאחר המהפכה שהתקיימו בנובמבר 2011 ובינואר 2012, עזבו כמה מפלגות חברות את הגוש המצרי והתלוננו כי זה כולל "שרידים של המשטר לשעבר".[10]
לכן, בזמן הבחירות כלל הגוש רק את מפלגת המצרים החופשיים, המפלגה הסוציאל-דמוקרטית המצרית (ESDP) ותנועת טגאמו.[11][12] יחד, הגוש זכה ב-2,402,238 קולות, המקביל לנתח של 8.9% מתוך 332 המושבים שהוקצו למפלגות ולקואליציות, 33 נתפסו על ידי מועמדי הגוש המצרי, 14 מהם חברי מפלגת המצרים החופשיים. חבר תנועת טגאמו אחד נבחר למושב אחד מתוך 166 המושבים השמורים למועמדים בודדים.
בניגוד לשותפותיה, המפלגה החליטה להחרים את הבחירות למועצת השורא בינואר ובפברואר 2012, תוך ציון חוסר שביעות הרצון מטיפול הרשויות בחריגויות במהלך הבחירות לבית התחתון.[13] לאחר הבחירות, הגוש המצרי קרס עם פרישת המפלגה הסוציאל-דמוקרטית וטען כי השותפים האחרים מודאגים יותר מההפרדה החילונית-אסלאמיסטית מאשר מההבדלים בין המשטר לשעבר לכוחות המהפכניים.[14] במרץ 2012 התפטר מהמפלגה סגן היו"ר וחבר הפרלמנט לשעבר מוחמד אבו חאמד והפך למנהיג של מפלגת חיי המצרים ומאוחר יותר של התנועה הפטריוטית המצרית.[15]
אופוזיציה לשלטון האיסלאמיסטי
המצרים החופשיים לא לקחו חלק בבחירת חברי האספה המכוננת ביוני 2012, וקוננו על ייצוג יתר של האיסלאמיסטים בה.[16] המפלגה אישרה את קריאותיה להחרים את האספה בספטמבר 2012.[17] במקום זאת, התנועה השתתפה במספר פרויקטים שניסו לתאם את האופוזיציה החילונית נגד הרוב האיסלאמיסטי, כלומר הברית הלאומית המצרית שהוכרזה בספטמבר 2012,[18] התנועה האזרחית-דמוקרטית באוקטובר 2012[19] וחזית ההצלה הלאומית שנוסדה בנובמבר 2012.[20] המפלגה קראה להחרים את משאל העם החוקתי בדצמבר 2012 כדי להדגים את דחיית כל התהליך שהוביל לחוקת 2012 בחסות האיסלאמיסטים.[21]
אחרי הפגנות 2013
המפלגה תמכה בהדחתו של הנשיאמוחמד מורסי, שפרצה בעקבות המחאה נגד הממשלה ביוני 2013. המפלגה ראתה בהפגנות שהובילו לסילוקו של מורסי כמהפכה ולא ראתה בהפלתו כהפיכה.[22] בדצמבר 2013 התמזגה מפלגת החזית הדמוקרטית הליברלית הוותיקה יותר עם מפלגת המצרים החופשיים.[23] באותו חודש דווח כי המפלגה הפכה לחלק מקואליציית החזית הלאומית,[24] אך בפברואר 2014 המפלגה הבהירה כי לא יהיה זה הגיוני להצטרף לברית בחירות בטרם יעבור חוק הבחירות.[25]
המצרים החופשיים תמכו בחוקת 2014 שעמדה להצבעה במהלך משאל העם החוקתי בינואר 2014,[26] שהתקבל עם 98.1% (בעוד אחוז ההצבעה היה 38.6%). באפריל 2014 התקבלה המפלגה כחברה מן המניין לאינטרנציונל הליברלי,[27] כיוון שכבר הייתה בעבר חברה משקיפה וחברה בברית הערבית האזורית לחופש ודמוקרטיה. המפלגה הכריזה על תמיכתה במועמד עבד אל-פתאח א-סיסי בבחירות לנשיאות במאי 2014.[28]