פרננדש התחיל את הקריירה שלו בקבוצת הילדים של ספורטינג ליסבון, ובגיל 9 הצטרף לזו של בנפיקה ליסבון. בעונת 2003/2004, ערך את הופעת הבכורה שלו בקבוצה הבוגרת ובמשחק השני כבש את שער הבכורה שלו בקבוצה בניצחון 1–2 נגד ז'יל ויסנטה והפך לכובש הצעיר אי פעם בתולדות המועדון. במהלך עונת 2005/2006, פרננדש עבר ניתוח עקב פציעה במפשעה.
בקיץ 2006, פרננדש הושאל לפורטסמות' מהפרמייר ליג, עם אופציה לרכישת כרטיס השחקן שלו בסכום של 7 מיליון פאונד. פרננדש ערך את הופעת הבכורה שלו בקבוצה בניצחון 1–2 במסגרת גביע הליגה האנגלי נגד מאנספילד טאון, ואף הבקיע את שער הבכורה שלו בקבוצה.
בינואר 2007, פרננדש האריך את חוזהו בבנפיקה ולאחר זמן קצר הצטרף לאברטון בהשאלה עד לסיום העונה. ב-10 בפברואר, ערך את הופעת הבכורה שלו בקבוצה בניצחון 0–1 נגד בלקברן רוברס. ב-24 בפברואר, פרננדש הבקיע את שער הבכורה שלו במשחק הליגה נגד ווטפורד. עם סיום העונה, רצתה אברטון לרכוש את פרננדש מבנפיקה, אך עקב העובדה שמספר סוכניות החזיקו בחלק מכרטיס השחקן שלו, בסופו של דבר העסקה לא יצאה לפועל.
ב-26 באוגוסט2007, פרננדש חתם לשש שנים בוולנסיה תמורת 18 מיליון אירו עבור 100% מכרטיס השחקן שלו ועם סעיף שחרור של 60 מיליון אירו. ב-2 בספטמבר 2007, פרננדש ערך את הופעת הבכורה שלו בקבוצה במשחק הליגה נגד אלמריה. בינואר 2008 הושאל לאברטון לסיום העונה עם אופציה של האחרונים לרכוש את כרטיס השחקן שלו, אך בסיום העונה חזר לוולנסיה. ב-5 באוקטובר2008, הבקיע את השער הראשון שלו בקבוצה במשחק הליגה נגד ריאל ואיאדוליד.
בינואר 2010, סוכמה עסקת השאלתו של פרננדש לאינטר מילאנו, אך ב-30 בינואר נכשל בבדיקה הרפואית ופרננדש חזר לוולנסיה. לקראת סיום חלון ההעברות בליגה, סיכם בפורטסמות' שלא הצליחה לרשום את פרננדש לפני תום סגירת חלון ההעברות ולכן נשאר בוולנסיה עד לסיום העונה.
