בשנת 1863, ביחד עם יואל משה סלומון ויחיאל ברי"ל השתתף בהוצאתו לאור של עיתון "הלבנון". עקב הלשנה על עיתון הלבנון ועורכיו לשלטונות העות'מאנים נסגר עיתון הלבנון. יואל משה סלומון ומיכל הכהן ברחו ביחד עם מכונת הדפוס לאלכסנדריה. בשנת 1865 חזרו השנים לארץ עקב מגפה שפרצה באלכסנדריה. בסיומה של תקופה זאת מכר מיכל הכהן את חלקו בבית הדפוס לשותפו יואל משה סלומון.
דיוקן של מיכל הכהן בגרפיטי על קיר בסמטה בנחלת שבעהכיכר על שם מיכל הכהן בשכונת נחלת שבעה בירושלים
בשנת 1869 היה הכהן בין מייסדי שכונת נחלת שבעה. באותה שנה גם נבחר להיות מנציגי היהודים שקיבלו את פני הקיסר פרנץ יוזף במסעו בירושלים. כאות הוקרה על פגישה זו שלח לו הקיסר מכונת דפוס חדשה, אשר שימשה אותו להדפסת עיתון האריאל (להלן).[1]
בשנת 1870, כמה שנים לאחר שנסגר עיתון הלבנון, חבר לישראל דב פרומקין והשתתף בהוצאה לאור של עיתון "החבצלת". מספר שנים פעל ביחד עם פרומקין בעיתון "החבצלת" אך בשנת 1874 פרש ובין השנים 1874–1877 הוציא לאור את העיתון 'האריאל', שהתנגד לחלוקה ועקב כך עורר עליו את זעמם של קנאי היישוב הישן בירושלים.
נשא לאישה את ליבה דבורה לבית קצורין, ואב לשני בנים ושתי בנות: אליהו אליעזר שאול כהן (ד"ר אליאס כהן), רופא המושבות בגליל ובצפת ובהמשך בפתח תקווה;[2] באדאנה, אשתו של חיים מיכל מיכלין; מינה פאפו; וישראל כהן.
